Но после того как погибла его библиотека и почти всё имущество, он надолго погрузился в депрессию, которая внешне выражалась в полной бесстрастности. А вскоре, и новый дом, на половодье 1888 года оказался затоплен. Но по воспоминаниям этого тяжёлого периода, если в училище он был спокоен и терпелив, то к своим детям предъявлял завышенные требования, горячился, иногда срывался. От детей требовалось безусловное повиновение.
Уже в чине коллежского асессора Константин Эдуардович продолжал совершенствовать педагогический опыт и в 1890 году он разработал новые учебные программы по арифметике и геометрии для 1—3 классов, утверждённые педагогическим советом Боровского училища.
В тоже время он закончил проект металлического дирижабля, проект был одобрен, но в финансировании было отказано. В 1891 году К. Э. Циолковский занялся проектом аэроплана, отправленного Н. Е. Жуковскому, который его одобрил. При этом директор народных училищ Калужской губернии обратился в Москву с ходатайством о переводе Циолковского — «одного из способнейших и усерднейших преподавателей» – в Калугу. Город Боровск устроил учителю торжественные проводы: хор мальчиков пел «Многая лета», учительский коллектив произнёс напутствие.
Книгу А. П. Федорова «Новый принцип воздухоплавания, исключающий атмосферу, как опорную среду» (СПб, 1896 г.) приобрел однажды К. Э. Циолковский. Идея заинтересовала Константина Эдуардовича и он приступил к её строгому физико-математическому обоснованию. Уже в 1905 г. он сделал вывод, что: «…единственно возможным способом перемещения в пространстве, где практически не действуют ни силы тяготения, ни силы сопротивления, является способ, основанный на действии реакции отбрасываемых от данного тела частиц вещества». А крупнейший знаток реактивной техники Герман Оберт в письме к Константину Эдуардовичу признавался: «Я жалею о том, что не ранее 1925 года узнал о Вас. Тогда, зная Ваши превосходные труды (1903 г.), я пошел бы гораздо дальше и избежал бы ненужных потерь».
Мощным стимулом для изучения достижений Константина Эжуардовича стало начало космической эры, которое совпало с его столетием, отмечавшимся в 1957 году. К. Э. Циолковскому были установлены памятники в Калуге и Москве. Существует его дом-музей в Калуге, где постоянно