На протяжении всего ХХ века источниковая база несла серьезные потери. Известно, что архив Харьковского коллегиума сильно пострадал в 1917–1920-е годы, потом в годы Второй мировой войны и последующее время. В частности, в ходе так называемой научно-технической обработки, проводившейся в 1949–1963 годах, из фонда 40 «Харьковская духовная консистория» Государственного архива Харьковской области было уничтожено 48 339 дел и 178 кг неописанной россыпи9.
На сегодняшний день источники по истории Харьковского коллегиума сосредоточены в фонде «Харьковский коллегиум» (Ф. 1973) Центрального государственного исторического архива Украины в городе Киеве, фондах духовных консисторий этого архива10 и Государственного архива Харьковской области. Сохранившийся корпус источников по истории Харьковского коллегиума представлен прежде всего делопроизводственной документацией. В фондах консисторий отложились указы, распоряжения, инструкции и «промемории» епископов, которые они направляли священнослужителям епархии, руководству и учителям Харьковского коллегиума. В фонде коллегиума сохранилась разнообразная делопроизводственная документация: рапорты и донесения ректоров о получении указов, инструкций и распоряжений епископов (с информацией о ходе учебного процесса, назначениях преподавателей), справки, рапорты, отчеты преподавателей, различного рода реестры, списки студентов, «аттестаты» и т. п. Эти документы отражают учебно-воспитательный процесс, так называемую академическую повседневность как способ существования преподавателей и студентов, а также совокупность ритуалов, коммуникативных практик, сформированных коллегиумским сообществом в сфере «академической жизни». Отдельные документы удалось выявить в архивах и рукописных отделах библиотек и музеев. При этом документальных материалов, относящихся к первой половине XVIII века, а тем более к начальному периоду истории коллегиума, сохранилось крайне мало.
Кроме того, в фонде № 796 «Канцелярия Синода (1721–1918)» РГИА сохранились официальные письма, рапорты и донесения белгородских епископов, в которых речь шла и о жизни коллегиума. Иногда епископы обращались в Синод с предложениями и ходатайствами, касавшимися коллегиумов, в ответ на которые в ряде случаев принимались важные решения. Большой информационной ценностью обладают отчеты епископов, в которых содержатся в том числе сведения, характеризующие развитие коллегиума (количество классов, учителей, учеников).
Вниманию читателей предлагаются прежде всего четыре указа белгородского епископа Епифания Тихорского11,относящиеся