С первых же дней Муклевич со свойственной ему настойчивостью стал бороться против вредных теорий, стремившихся обособить флот от общей системы Вооруженных Сил страны, а также против тех армейцев, которые недооценивали значение флота и стремились механически подчинить его сухопутному командованию (некоторые даже предлагали проекты введения на флоте общеармейской формы одежды). Он отстаивал свою точку зрения всюду, где только мог: на совещаниях флотских руководителей, в прессе…
Муклевич опубликовал ряд статей в «Морском сборнике», в которых подчеркивал важную роль флота в системе всех Вооруженных Сил. Так, в статье «Взаимодействие армии и флота» (Морской сборник. 1928. № 2) он пишет: «…мы были свидетелями настойчивых попыток оторвать флот от общей системы Вооруженных Сил страны». Говоря о военной реформе, которая проводилась под руководством М. В. Фрунзе, Наморси пояснял ее так: «…конечно, речь шла не о такой централизации, которая мешала бы самостоятельному развитию ВМФ… в определенных, целесообразных рамках…»
В своих статьях Муклевич совершенно ясно, четко сформулировал очень важную мысль: «Защита берегов – это общая задача всех Вооруженных Сил нашей страны». Он неоднократно повторял, что залогом успешного ведения войны является хорошо организованное взаимодействие армии и флота.
Исходя из реальных экономических возможностей, Наморси считал, что Советской стране нужны корабли не для войны за обладание морями, а для обороны: «…мы не можем искать решения задач в открытом море, мы не можем ставить себе задач за обладание морем… Поэтому нет нужды строить линкоры и вашингтонские крейсера, наши задачи – оборонительного порядка…»
При этом он не впадал в крайность и не ограничивался постройкой только «москитного» флота, состоящего из торпедных катеров и других мелких кораблей. Муклевич твердо верил в необходимость создания сильного флота. Именно в те годы, когда Муклевич был начальником Морских сил, в аппарате начал разрабатываться план строительства кораблей, рассчитанный на длительный срок, план, в котором самое большое внимание уделялось подводным лодкам, торпедным катерам, авиации и надводному флоту, но «без линкоров и вашингтонских крейсеров». К сожалению, в ту пору это понимали далеко не все.
Ромуальд Адамович много внимания уделял тактической подготовке командного состава и боевой подготовке флотов. При нем были созданы Боевой устав ВМС и Корабельный устав. Он часто бывал на флотах, участвовал в походах, стремился побывать на выпусках академии и училищ. И всюду требовал правильного понимания роли флота в системе Вооруженных Сил. Добивался дальнейшего укрепления дисциплины. «Большая дисциплина у нас есть, а малой еще нет», – любил он повторять и боролся за жесткий порядок – вплоть до мелочей – на всех кораблях.
…Другое утро выдалось ясным,