Даже бортовой журнал не пролил свет на происшедшее. Точнее, только еще прибавил загадок. Последняя запись в нем была датирована 24 ноября 1872 г. (т. е. была сделана за десять дней до того, как была обнаружена пустующая «Мария Селеста»). В ней говорилось, что бригантина взяла курс на восток. При обнаружении же корабль двигался по обратному курсу, на запад.
Экипаж корабля «Деи Грация» доставил найденное судно в порт Гибралтар. По факту исчезновения людей с борта «Марии Селесты» немедленно начали расследование. Судно тщательнейшим образом исследовали и выявили еще несколько интересных фактов. Так, например, на бригантине не было найдено ни одной навигационной книги и пропали некоторые навигационные приборы, такие как секстан и хронометр. Кроме того, на одном из ее бортов обнаружены глубокие зарубки топором. Экспертиза показала, что эти зарубки сделаны в конце ноября, т. е. как раз примерно в то время, которому соответствует последняя запись в бортовом журнале.
Адмиралтейство намеревалось расследовать это загадочное происшествие быстро, по горячим следам. Но следствие затянулось на 11 лет, не придя в результате ни к какому определенному выводу. В ходе расследования возникали самые разнообразные версии произошедшего. Вот наиболее известные из них.
1. Бунт на корабле. Это была версия прокурора по данному делу. Он опирался на тот факт, что одна из спиртовых бочек была найдена пустой. Исходя из этого, прокурор предположил, что матросы перепились, устроили бунт, убили капитана и его членов семьи и выбросили за борт. Протрезвев же, испугались попасть в руки правосудия и сбежали с судна на спасательной шлюпке. Версия выглядела не слишком правдоподобно – Бриггс был опытным капитаном и сам набирал команду. Но, за неимением других, ее приняли за рабочую. Однако никого из членов экипажа не удалось обнаружить, хотя депеши с просьбой о взятии их под стражу были разосланы по всем портам страны.
2. Предательство судовладельца. Согласно этой версии основной судовладелец, которому принадлежал наибольший пай при покупке бригантины, захотел получить страховку за судно. Он подкупил матросов, чтобы они убили Бриггсов и затопили корабль. Но что-то пошло не по плану, и пустить ко дну судно не удалось. Эта версия также не выдерживала серьезной критики, хотя и долго муссировалась в прессе.
3. Смертельная болезнь. Эта версия гласила, что некоторые матросы на судне умерли из-за внезапно развившейся неведомой болезни. Тела были сброшены за борт, а оставшиеся в живых спешно покинули зараженный корабль на шлюпке, но так и не смогли добраться до берега.
4. Опасность взрыва. Эта версия была признана наиболее правдоподобной,