В марте 1939 года Кузнецов назначен заместителем Наркома ВМФ СССР. 3 апреля 1939 года ему присвоено внеочередное воинское звание флагман флота 2-го ранга. А 29 апреля 1939 34-летний Кузнецов назначен Народным комиссаром ВМФ СССР. Он был самым молодым наркомом в Союзе и первым моряком на этой должности. Внёс большой вклад в укрепление флота перед Великой Отечественной войной; провёл ряд крупных учений, лично посетил множество кораблей, решая организационные и кадровые вопросы. Стал инициатором открытия новых морских училищ и морских спецшкол (впоследствии нахимовских училищ). При его активном участии были приняты дисциплинарный и корабельный уставы ВМФ. 24 июля 1939 года по его инициативе введён День Военно-Морского Флота.
Нарком ВМФ СССР Н.Г.Кузнецов (слева) и его заместитель И.С.Исаков.
Рабочий кабинет Наркома. Москва, 1939 год.
Накануне нападения Германии на СССР Кузнецов Н.Г. принял действенные меры по повышению боеготовности флотов, а в ночь на 22 июня 1941 года отдал приказ о приведении их в полную боевую готовность, что позволило избежать потерь кораблей и морской авиации. Во время войны Кузнецов был членом Ставки Верховного Главнокомандования, постоянно выезжал на корабли и фронты. Флот предотвратил вторжение немцев на Кавказ с моря. Большую роль в противодействии противнику сыграли морская авиация и подводный флот. ВМФ оказывал помощь союзникам, а кроме того, сопровождал корабли, идущие по Ленд-лизу. Значительная роль уделялась морскому образованию и учёту опыта войны. Со 2 февраля 1945 года Н. Г. Кузнецов – член Государственного Комитета Обороны (ГКО). В 1945 году участвовал в составе советской делегации в работе Крымской и Потсдамской конференций руководителей трёх союзных держав (СССР, США и Великобритания).
Г.К. Жуков и Н.Г.Кузнецов (в центре) во время Потсдамской конференции в качестве военных советников. Июль, 1945.
25 февраля 1946 года самостоятельный Наркомат ВМФ СССР был упразднён и Военно-Морской Флот был включён в состав объединённого Наркомата Вооружённых Сил СССР. Кузнецов был назначен главнокомандующим ВМФ – заместителем Наркома (затем Министра) Вооружённых Сил СССР.
Николай Герасимович Кузнецов не раз попадал в опалу. В январе 1947 года в результате разногласий со Сталиным по поводу программы дальнейшего развития ВМФ был снят с поста Главкома и в феврале 1947 года назначен начальником Управления военно-морских учебных заведений.
12 января 1948 года Кузнецов вместе с группой адмиралов (Л.М. Галлером, В.А. Алафузовым и Г. А. Степановым) был предан Суду чести Министерства Вооружённых Сил СССР под председательством Маршала Советского Союза Говорова. Обвинение состояло в том, что в 1942—1944 годах они без