Вернувшись из Никомидии, Ориген составляет Комментарии на Евангелия от Матфея и от Луки. Одновременно, по настоянию Амвросия, он пишет большой полемический трактат Против Цельса, опровергающий антихристианские доводы язычника в его «Истинном слове». К одним из последних сочинений Оригена относятся, вероятно, также Заметки на Псалтирь, которые сам Ориген называл «пособием» (ἐγχειρίδιον)[18].
В конце 249 г. к власти приходит Деций. Разразилось новое гонение, в которое все отказавшиеся публично принести жертвы идолам отправлялись в тюрьмы. Среди прочих был арестован и Ориген. За его стойкость и поддержку духа в других заключенных за веру он был отправлен в глубокий карцер, а ноги его были растянуты до четвертого отверстия. Неоднократно он был вызываем на допрос. Но, по свидетельству Евсевия, его тело, изнуренное непрестанной аскезой, стойко переносило мучения[19]. Когда после смерти Деция в 251 г. тюрьмы были открыты, Ориген был еще жив. После этого следы его теряются: скорее всего, он не прожил долго после освобождения.
В заключении он получил письмо поддержки от епископа Александрийского Дионисия[20], что, должно быть, стало для него утешением, отчасти компенсируя негативное отношение к нему со стороны двух предыдущих предстоятелей Александрийской Церкви. Такие письма обыкновенно направлялись исповедникам. Таковым бы Ориген и остался в памяти Церкви, если бы очевидные расхождения его учения со Св. Преданием не повлекли за собой в дальнейшем множественные смущения в Церкви, прекратить которые стало возможным лишь придав осуждению отдельных пунктов учения Оригена, его личности и главных его последователей статус решения Вселенского Собора (553). Оригенистский кризис VI в., а также гибель Кесарийской библиотеки ок. 600 г. стали причиной утраты большинства сочинений Оригена, число которых, по свидетельству Евсевия Кесарийского, отраженному в 33-м Послании блж. Иеронима, насчитывало ок. 2000 сочинений (считаются по отдельности каждая гомилия и «том» комментариев). Помимо небольшой части сочинений Оригена, уцелевшей в греческом подлиннике, сохранилось довольно большое число латинских переводов V в., выполненных блаж. Иеронимом и пресвитером Руфином Аквилейским (последний часто не столько переводил, сколько пересказывал Оригена, заменяя соблазнительные формулировки традиционными).
Ниже приводится список дошедших до нас сочинений Оригена с указанием степени сохранности.
Библейско-критические Гекзаплы сохранились во фрагментах различной степени связности. Существуют также позднейшие сирийские и арабские версии Гекзапл.
Экзегетические произведения были выполнены в трех жанрах. Два из них – письменные: схолии