Из государственных структур для нашей проблематики наибольший интерес представляли те органы, которые в той или иной степени участвовали в формировании и реализации государственной конфессиональной политики. В ГА РФ были проанализированы законодательные и иные нормативно-правовые акты, циркулярные и протокольные материалы, планово-отчетная документация и переписка из четырех фондов: ВЦИК, Министерства юстиции РСФСР, Отдела по просвещению национальных меньшинств Наркомата просвещения РСФСР и Постоянной центральной комиссии по вопросам культов (Ф. А-296; Ф. А-353; Ф. Р-1235; Ф. Р-5263). Изучение документов названных фондов способствовало пониманию правовой основы формирования государственной конфессиональной политики, ключевых ее направлений, практических мер по реализации декретов советской власти и их увязки с конкретной ситуацией в стране (например, произошедшее сближение с некоторой частью духовенства при проведении кампании по изъятию церковных ценностей или влияние обострения государственно-церковных отношений на колхозное строительство). Особый интерес представляли материалы о создании и деятельности в аппарате государственного управления специальных органов, уполномоченных на проведение государственной конфессиональной политики.
Представление о «партийной» линии в формировании государственно-церковных отношений в 1920-1930-е гг. помогли сформировать протокольные материалы и циркулярные указания Политбюро ЦК РКП(б) из соответствующего фонда РГАСПИ (Ф-17). Круг рассматривавшихся на заседаниях данного органа вопросов касался практически всех сторон государственной конфессиональной политики. В результате изучения данных документов удалось сформировать представление о взятых «на карандаш» высшим партийным руководством наиболее острых вопросах государственно-церковного взаимодействия и принятых решениях. Обращение к указанному комплексу документов позволило понять некоторые причины происходивших векторальных изменений в характере антирелигиозной работы и механизма применения репрессивной машины, политики временного сотрудничества с отдельными группами внутри РПЦ и сектантскими движениями.
Среди материалов фонда Центрального Совета Союза воинствующих безбожников СССР (ГА РФ. Ф. Р-5407) нас прежде всего интересовали дела из оп. 2, в которой отложились документы редакции газеты «Безбожник» за 1922-1931 гг. Деятельность собственно ЦС СВБ СССР, документы которого составили оп. 1. названного фонда, с одной стороны, служила предметом внимания уже в советский период и достаточно хорошо освещена в целом ряде публикаций, с другой – практически все основные циркулярные указания этого органа представлены в аналогичных фондах региональных структур (см. характеристику ниже). Из собранных в оп. 2. материалов наиболее актуальными оказались