На региональный уровень появление новых тенденций отечественной историографии в конце 1980-х гг. особого влияния не оказало. Работы местных ученых (Н. Е. Адушкина, В. А. Балашова и др.) по-прежнему носили более комплексный характер, без вычленения религиозного компонента и государственно-церковных отношений в качестве самостоятельного объекта изучения29.
«Архивная революция» 1990-х гг. привела к открытости и вовлечению в научный оборот огромного пласта ранее не доступных источников и активизировала научную деятельность, позволяя ученым рассматривать различные аспекты государственно-церковных отношений, в т. ч. и ранее неизучавшиеся отечественной историографией. За два истекших десятилетия сформировался новый взгляд на советскую конфессиональную политику. Появились обобщающие труды А. Н. Кашеварова, М. В. Шкаровского, О. Ю. Васильевой, М. Ю. Крапивина, И. А. Курляндского, А. А. Слезина и др.30 Детальной проработке подверглись проблемы внедрения атеизма в народное сознание31, изменения уклада повседневной жизни32, реформирования образовательного процесса33, кампании по вскрытию мощей34, изъятия церковных ценностей35, обновленческого и иных расколов36, репрессивной политики в отношении духовенства и верующих37 и др. Появились отдельные биографические исследования38. Со стороны профессиональных историков внимание стало уделяться не только изучению собственно государственно-церковных отношений, но и источниковедческим и историографическим вопросам39.
Одним из проявлений либерализации исторической науки в 19902000-е гг. стал выход разнонаправленных трудов. Авторы одних преследовали цель «разоблачения большевизма». Показательны в этом отношении работы Д. А. Волкогонова, А. Н. Яковлева и А. Арутюнова, в которых при недостаточном внимании к источниковедческому обоснованию тезисов делаются громкие заявления о «патологическом мракобесии» лидеров СССР40. Другие, напротив, прикладывали усилия к «отбеливанию» советской конфессиональной политики и ее идеологов. Так, в конце 1990-х гг. в ряде периодических изданий появились публикации документов, «свидетельствующие» чуть ли не о кардинальном повороте И. В. Сталина в сторону религии в конце 1930-х гг. Позднее указанные документы легли в основу утверждений целого ряда просталински настроенных авторов41, что вызвало острую критику со стороны профессионального сообщества42.
В марийской, мордовской и чувашской исторической науке период 1990-х – начала 2010-х гг. также отмечен активизацией исследовательской деятельности, причем с середины 1990-х гг. отдельные стороны государственно-церковных отношений становятся и самостоятельным объектом изучения. Сравнивая региональную историографию, необходимо отметить, что более активно религиозная (в широком понимании этого термина) проблематика