Военную комиссию на переговорах с Литвой возглавлял командующий войсками Белорусского фронта командарм 2 ранга М. Ковалев. Советская делегация намеревалась вести переговоры о размещении войск в Вильнюсе, Каунасе, Шауляе, Укмерге и Алитусе, но литовская сторона категорически отказалась обсуждать такую дислокацию советских армейских подразделений, предлагая разместить гарнизоны ближе к германской границе. Переговоры с Литвой завершились 28 октября подписанием соглашения о размещении советских войск в районах Новая Вилейка, Алитус, Приенай, Гайжуны. ВВС должны были разместиться в Алитусе и Гайжунах и, кроме того, получить ряд оперативных аэродромов. Церемония ввода войск состоялась лишь в 10 часов 15 ноября и носила чисто символический характер, поскольку советские военные уже находились в Вильнюсе, т. е. на территории Литвы. 15–17 ноября большая их часть была выведена из Вильнюса в места постоянной дислокации. В Литве разместились части 16-го ОСК, 10-й истребительный и 31-й среднебомбардировочный отдельные авиаполки общей численностью 18 786 человек. Окончательно подразделения РККА покинули Вильнюс 15 декабря 1939 г. Общее руководство всеми советскими войсками в Прибалтике согласно приказу наркома обороны № 0187 от 27 ноября 1939 г. было возложено на его заместителя – командарма 2 ранга А. Локтионова89.
Из Москвы были направлены строгие инструкции полпредам: прекратить всякие контакты с левыми силами в странах Балтии и пресекать любые разговоры о советизации. «Всякие заигрывания и общения с левыми кругами прекратите, – телеграфировал В. Молотов полпреду СССР в Литве Н. Позднякову 14 октября 1939 г. – Осуществляйте связь только с правительственными, официальными кругами, постоянно помня, что полпредство аккредитовано при правительстве, и ни при ком другом»90.
Министр иностранных дел Литвы Ю. Урбшис во время своего визита в Москву в октябре 1939 г. получил соответствующие заверения от Сталина и Молотова, «что Советский Союз не стремится советизировать Литву»91.
21 октября Молотов вновь телеграфировал Позднякову в Каунас: «Вам, всем работникам полпредства, в том числе и военному атташе, категорически запрещаю вмешиваться в междупартийные дела в Литве, поддерживать какие-либо оппозиционные течения и т. д. Малейшая попытка кого-либо из вас вмешаться во внутренние дела Литвы повлечет строжайшую кару на виновного. Имейте в виду, что договор с Литвой будет выполняться с нашей стороны честно и пунктуально. Того же будем требовать от Литовского правительства. Следует отбросить как провокационную и вредную болтовню о “советизации” Литвы»92. Аналогичные указания обязаны были выполнять и дипломатические представители СССР в Риге и Таллине.
25 октября 1939 г. К. Ворошилов