Обращать мусульман в христианство и быть миссионером среди них, было в то время совершенно новой и необычной мыслью. До этого во всех монастырях и церковных проповедях возбуждалась только благочестивая злоба против неверных, захвативших Иерусалим и гроб Господен. Франциск же своими намерениями надеялся отказаться от крестовых походов, воздействовать не насилием над неверными, а добрым словом и убеждением. Он искренне считал за благо создавать из иноверцев христиан, а не убивать их. Если бы по простодушной мысли Франциска все стали христианами, то мир бы стал единым, и войны исчезли. И если в европейских странах миссии францисканцев не встречали особого сопротивления, то в странах Ближнего Востока, где официальной религией было мусульманство, многие монахи, несущие слово Божие, и желающие даже обратить в католичество самого турецкого султана, погибли в тюрьмах или были до смерти забиты камнями…
Однако не все было гладко и в самом новом ордене. Со временем нашлись монахи, исполнение предписаний Франциска и жизнь в общине для которых показались слишком суровыми, вследствие чего они пытались жаловаться папе или даже изменить устав братства.
Сохранился и документ, доказывающий, что Франциск в конце своей жизни устал бороться с дальнейшим обюрокрачиванием созданного им ордена – из нищего и смиренного братства в богатый монастырь. Отказавшись от дальнейших забот относительно созданной им организации, Франциск снова отправился странствовать один и без помощников, нищий и, зачастую, голодный. Повторить в своей жизни все земные тяготы Христа, чтобы пережить их как Христос – вот на что были направлены все дальнейшие действия Франциска.
В 1223 году в гроте вблизи деревушки Греччио он впервые в истории христианства устраивает «живую картину», воспроизводящую историю рождения младенца Христа (ясли, домашний скот, молящиеся пастухи и крестьяне). Вскоре это стало традицией во всех католических церквях в канун рождества Христова.
Постоянно думая о муках Христа на кресте, Франциск вместе с двумя товарищами поднимается на ближайшую гору, где проводит длительное время в посте и молитвах. Именно здесь в день Воздвижения Святого Креста 14 сентября 1224 года ему было видение, итогом чего у Франциска появились стигматы (незаживающие раны) на руках и ногах именно в тех местах, где они были у распятого Христа…
Франциск скончался 4 октября 1226 года, и последние несколько месяцев его жизни были очень мучительными. Сказалось постоянное недоедание, епитимьи, ночевки в лесу или в поле в холодное время года, худая, не согревающая тело, одежда, утомление от непрерывной проповеднической деятельности. Свою лепту внесло и его пребывание в течение нескольких лет в Аравии, где он пытался обратить в христианскую веру воинственных сарацин. Там он был несколько раз жестоко избит, заключался в тюремную камеру и заразился тропическими болезнями. Однако и в таком плачевном состоянии Франциск не сетовал на судьбу, называя