Елизавета воспитывалась в строго католическом духе, но крестить и воспитывать детей супруги решили по кальвинистскому вероисповеданию, к которому принадлежал Лефорт.
Через жену он породнился с Патриком Гордоном и с Мензесом. В семейной жизни Франц Лефорт пережил тяжелые испытания: из девяти, или одиннадцати детей, которые родились у него в браке с Елизаветой, в живых остался только один – сын Андрей.
Желая принять участие в военных действиях России против Турции, Лефорт подал прошение в Иноземный приказ о зачислении его на царскую службу. Ответом было его назначение командиром роты, которая входила в состав гарнизона Киева и принадлежала к корпусу князя Василия Голицына. Лефорт был лично ему знаком. Киевским комендантом назначили Патрика Гордона. Такой расклад давал Лефорту надежду не остаться незамеченным, и он отправился в Киев. Там он прослужил два с половиной года, принимал участие в военных походах и сражениях с крымскими татарами, не раз рисковал жизнью.
По возвращении в Немецкую слободу, Лефорт попросил полугодовой отпуск для поездки в Женеву. Ему дали отпуск с сохранением жалования и он отправился на родину. Лефорту было тогда двадцать шесть лет. Дома родственники уговаривали его остаться в Европе, но он категорически отказался. Заявил, что не может нарушить слово, данное им русскому царю. Он говорил, что сердце его «лежит к России» и благодарность «обязывает его посвятить жизнь монарху», от которого он получил «многие благодеяния». Перед выездом обратно в Россию, Лефорт отправил прошение в женевский сенат об официальном разрешении жить в другом государстве.
Когда Лефорт вернулся в Россию, он уже не застал в живых царя Федора Алексеевича и женевца взял под своё покровительство князь Голицын, который был известен своими пристрастиями к европейской культуре. В 1683 году Лефорт дважды был повышен по службе. Первый раз в день именин царя Петра – чин майора, второй – в день именин царя Иоанна – чин подполковника. О его назначениях было торжественно объявлено перед дворцом. Присутствовали все офицеры. После чего эти события праздновались шумными пирами в Немецкой слободе.
В 1687 и 1689 годах под предводительством Голицына было организовано два похода на Крым, которые оказались неудачными. Лефорт безотлучно сопровождал князя. После первого похода его произвели в чин полковника и наградили. Второй Крымский поход закончился в самый разгар борьбы между Петром и Софьей. В начале августа 1689 года молодой царь, опасаясь низложения и ареста,