Der erste Reaktor des Zentrums, der „Berliner Experimentier Reaktor“, BER I, war bereits ein Jahr zuvor in Betrieb gegangen. Er hatte eine Leistung von 50 Kilowatt und diente noch ganz der klassischen Grundlagenforschung, der Erforschung des Aufbaus und des Verhaltens von Atomkernen.15 Geliefert hatte den Reaktor die amerikanische Firma „Atomics International“ aus Kalifornien, nachdem der damalige Bundesatomminister Franz Josef Strauß bereits im Sommer 1956 entschieden hatte, das Berliner Forschungszentrum zur Hälfte zu finanzieren.
Die besondere Rechtslage West-Berlins schien das Vorhaben zeitweise noch zum Scheitern zu bringen, konnte dann aber schnell gelöst werden16: Für das Brennmaterial waren die Berliner auf Lieferungen aus den USA angewiesen, die das „Atoms for Peace“-Programm förderte. Allerdings waren in diesem Programm nur Abkommen mit „Nationen“ vorgesehen, was die „besondere politische Einheit West-Berlin“ ausschloss. Sehr schnell ermöglichte der amerikanische Senat im Frühjahr 1957 in einem gesetzgeberischen Eilverfahren jedoch eine Ausnahmegenehmigung durch die Aufnahme eines speziellen Berlin-Passus im Gesetz. Den Ausschlag für dieses entschlossene Handeln hatte offensichtlich der Vorsitzende der „Atomic Energy Commission“, Admiral Lewis L. Strauss, gegeben, der auf die drohende Vorreiterrolle der DDR in der Atomforschung hinwies: „[…] the erection of a United States reactor in West Berlin would do much to offset any psychological advantage that the Communists might seek to derive from the new research center which has been established in Dresden, […]“.17 Denn schon im Dezember 1957 nahm die DDR am Zentralinstitut für Kernforschung in Dresden-Rossendorf ihren ersten Forschungsreaktor, der von der Sowjetunion geliefert worden war, in Betrieb. Wie schnell so ein Forschungsvorhaben zum Gegenstand der Weltpolitik werden konnte, zeigt sich hier mehr als deutlich.
Bis heute wird am Wannsee geforscht, inzwischen ist das Institut umbenannt in „Helmholtz-Zentrum für Materialien und Energie“, nach der Integration in die Helmholtz-Forschungsinstitute und der Zusammenlegung mit der „Berliner Elektronenspeicherring-Gesellschaft für Synchrotronstrahlung“ (Bessy) im Jahr 2009. Seit 1973 betreibt das Institut den zweiten Reaktor, BER II, der der Forschung mit Neutronenstreuung dient.18
Der Reaktor ist seit 2010 für Wartungsarbeiten abgeschaltet und sollte 2012 wieder angefahren werden. Demonstranten in Berlin und Potsdam forderten die endgültige Stilllegung. Neben dieser wissenschaftlichen Nutzung der Kerntechnologie aber gab es in den 1960er-Jahren Pläne, am Wannsee einen kommerziellen Atomreaktor zu errichten.
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