С присущей ей энергией Львова так активно отстаивала интересы своего подзащитного, помещенного к тому времени в следственный изолятор, что в феврале 2008 года тогдашний директор ФСИН Юрий Калинин в письменном виде одновременно потребовал от Федеральной палаты адвокатов РФ рассмотреть вопрос о соответствии защитницы статусу адвоката, а также предложил Следственному комитету возбудить в ее отношении уголовное дело о клевете. Негодование главного тюремно-колониального начальника вызвали высказывания Львовой в прессе о том, что Алексаняну в СИЗО не оказывается надлежащая медицинская помощь. Вот как об этом было сказано в письме от 4 февраля 2008 года № 10/1-320 на имя главы СКП РФ Александра Бастрыкина: «В течение длительного времени адвокат Львова Елена Юлиановна, являющаяся защитником Алексаняна В.Г., в своих публичных выступлениях, в том числе в средствах массовой информации, допускает клеветнические заявления, порочащие честь, достоинство и деловую репутацию как сотрудников уголовно-исполнительной системы, так и работников органов прокуратуры Российской Федерации, осуществляющих надзор за исполнением законов администрациями мест содержания заключенных под стражу. Фактически Львова обвиняет руководство и сотрудников Федеральной службы исполнения наказаний, а также органов прокуратуры Российской Федерации в умышленных действиях, направленных на физическое уничтожение ее подзащитного».
Таким образом, могущественная ФСИН вместо того, чтобы бросить все силы на обеспечение надлежащего содержания арестованных и их медицинское обслуживание, стала бороться с женщиной-адвокатом, открыто заявившей о наличии опасности для жизни и здоровья своего доверителя. Опасности очевидной, о чем неоднократно заявлял сам Алексанян, а затем и подтвердил ЕСПЧ.
Тем не менее Следственный комитет начал по заявлению Калинина доследственную проверку, продолжавшуюся без малого два месяца. К моменту завершения ее материалы насчитывали три толстых тома различных медицинских документов, объяснений, справок и т. д.
Сам Василий Алексанян расценивал происходившее со Львовой как попытку лишить его опытного и энергичного защитника накануне рассмотрения уголовного дела в Симоновском суде Москвы, а также месть лично ему за обращение в ЕСПЧ и обозначенные там претензии к российским властям, затрагивающие интересы ФСИН. В письме от 26 марта 2008 года на имя проводившего проверку следователя он писал, что предметом возмутительной травли адвоката Львовой является занимаемая защитой позиция по вопросам, связанным с его лечением и законностью содержания под стражей. Здесь же Алексанян заявил, что подобным образом его ставят перед альтернативой – «либо согласиться с тем, что меня всегда квалифицированно и со знанием дела лечили в подведомственных Калинину Ю.И. учреждениях (что неправда), или я от лечения