В моделях клатратной группы вода представлена как непрерывная сетка (каркас) водородных связей, которая содержит пустоты; в них размещаются молекулы, не образующие связей с молекулами каркаса. Особенные свойства воды модели этой группы объясняют строением каркаса и степенью заполнения его пустот.
Полимерные включения предусматривают многие модели воды в связи с тем, что не менее 10—15% молекул воды могут объединяться в полимеры (различной структуры и продолжительности существования).
Кластерами называют отдельные структуры молекул воды самой различной конфигурации, которые образованы их взаимодействием за счет свободных водородных связей.
«Кванты воды» – это кластеры, состоящие из 57 её молекул (образующих структуру, напоминающую тетраэдр). Тетраэдры, в свою очередь, могут объединяться между собой вершинами, ребрами или гранями, образуя различные кластеры со сложной структурой, например в форме додекаэдра (12-гранник, составленный из правильных пятиугольников). 16 квантов образуют структурный элемент высшего порядка, состоящий из 912 молекул воды и напоминающий кристалл. Его молекулы не способны к внешнему взаимодействию за счет образования водородных связей. Такие кластеры не замерзают при температуре минус 150 градусов Цельсия. Химически чистая вода, как предполагается в данной модели, состоит на 80% из таких кластеров, на 15% из полиассоциатов-супермолекул и на 5% из отдельных молекул Н2О.
Кроме кластеров с критическими размерами, в воде всегда присутствуют и кластеры малых размеров. Поскольку возникающие кластеры постоянно разрушаются, то обычная вода всегда содержит хаотический набор кластеров с различной структурой без преобладания какой-либо. Такая вода называется неструктурированной.
Если же переход к другому взаимному расположению структурных элементов воды, оказывается энергетически значимым, то вода «структурируется», и новое состояние отражает кодирующее действие вызвавшего эту перестройку объекта. Попадание в воду молекул примесей влияет на структуру кластеров, повышает длительность их существования. Именно возможностью структурирования объясняются «память воды» и её информационные свойства. После снятия возмущения структура воды через некоторое время возвращается в исходное состояние. Как правило, это время составляет от 30 минут до двух недель, но бывают случаи сохранения новой структуры в памяти воды