В 1850 году епископ Иннокентий был возведён в сан архиепископа, а два года спустя Якутская область в Восточной Сибири с 200000 жителей была присоединена к его епархии. В связи с этим резиденция Архиепископа была переведена в Якутск. Здесь, также как ранее на Уналашке и Ситке, архиепископ Иннокентий начал изучать местный язык и работать над переводом. В этом деле ему помогала группа способных местных миссионеров, и через несколько лет якуты уже услышали Богослужение на их родном языке. Хотя архиепископ Иннокентий смог всего лишь раз посетить Америку после перевода его резиденции в Сибирь, он, продолжая пристально наблюдать за церковной жизнью там, проявлял особый интерес к продолжению начатого им труда по переводу. В письме митрополиту Филарету он информировал московского иерарха о том, что священник Иннокентий Шаятников на Уналашке перевёл несколько книг Нового Завета на алеутский язык, а Иван Надеждин, окончивший Ново-Архангельскую семинарию, перевёл Евангелие от Матфея на колошский язык[41].
Его огромная епархия ещё более увеличилась с присоединением к России Амурского края. Архиепископ Иннокентий все время путешествовал, проповедовал, устраивал новые миссии, открывал школы. Ему одному уже невозможно было управлять такой большой территорией. К тому же и здоровье его начало сдавать. В 1858 году в Якутске и на Ситке были созданы два викариатства. На следующий год архимандрит Пётр, последний ректор семинарии на Аляске, стал епископом Ново-Архангельским, викарием архиепископа Иннокентия, чья кафедра была перенесена в город Благовещенск на реке Амуре. Владыка Иннокентий с прежним усердием и энтузиазмом продолжал возделывать новую миссионерскую ниву. Однако возраст и недомогание, особенно сильное ухудшение зрения, вынуждали его просить об уходе на покой. Но не такова была воля Божия.
Новость о продаже русско-американских владений Соединённым Штатам, разумеется, не могла не вызвать глубоких чувств у престарелого миссионера. С его проницательным умом и бескорыстной преданностью Церкви вне каких бы то ни было политических соображений, владыка сразу же понял, что здесь открываются огромные возможности. Пятого декабря 1867 года он написал пророческое письмо графу Д. А. Толстому, Обер-прокурору Святейшего Синода. Приводим отрывки из этого письма:
«До меня дошёл слух из Москвы, что будто бы я кому-то писал, что я недоволен тем, что наши американские колонии проданы американцам; это совершенная неправда; напротив того, я вижу в этом обстоятельстве один из путей Провидения, которым наше Православие может проникнуть в Соединённые Штаты, где в настоящее время начали обращать на него серьёзное внимание. Если бы спросили меня по этому предмету, то я вот что бы отвечал:
а) американское викариатство не закрывать, хотя бы там число церквей и Миссий сократили вдвое, то есть до пяти;
б) резиденцию викария вместо Новоархангельска