В это время в Моравии правил Святополк, свергнувший князя Ростислава в 870 г. В 874 г. немецкое духовенство было изгнано с Моравских земель, и архиепископ Мефодий стал главой Моравской Церкви.
Мефодий налаживал службу на славянском языке, рукополагал священников, усердно занимался обращением и просвещением славян, посещал сельские местности, где было сильно укоренено язычество, преследуя языческие нравы и суеверия с «неутомимой и самой непреклонной ревностью» [3. С. 29]. «С этого же дня начало сильно расти учение Божье, а духовные стали умножаться во всех градах, а язычники – верить в истинного Бога, отрекаясь от своих заблуждений»[37].
В тексте Жития сказано, что свт. Мефодий окрестил князя вислян (одного из польских племен). Существует также версия о крещении Мефодием чешского князя Борживоя [31. С. 26].
Однако к концу 870-х гг. при Моравском княжеском дворе стала усиливаться немецкая партия, что привело к новому церковному конфликту, который разгорелся около 879 г. Немецким духовенством стали активно распространяться слухи о том, что Мефодий изгнан папой с епископской кафедры, а сама Моравская и Паннонская архиепископия возвращена под юрисдикцию немецких епископов. Святитель Мефодий вновь был вынужден совершить путешествие в Рим и отстаивать свои позиции перед Папой и латинскими клириками. С ним поехал и некто Вихинг, который на словах отстаивал прославянскую линию, а на самом деле собирался стать епископом вместо Мефодия. Однако Господь устроил так, что Вихинг стал только епископом Нитранским, викарным епископом Мефодия. Разумеется, он и другие немецкие епископы не были этим удовлетворены, поэтому все вместе попытались захватить власть в Моравской епархии, но заговор их раскрыли, и Вихинг вынужден был покинуть страну.
В 880 г. Папа Иоанн VIII послал буллу моравскому князю Святополку о том, что учение святителя Мефодия соответствует учению отцов Вселенских Соборов. Ему в очередной раз было разрешено богослужение на славянском языке, только на этот раз с ограничением: Евангелие и Апостол должны читаться сначала по-латыни, а потом по-славянски. В то же время Папа разрешил для князя и вельмож, по их желанию, совершать богослужение на латинском языке.
В 883 г. святитель Мефодий, чувствуя в себе возрастающую немощь