Тем не менее трудности не могли остановить англичан. В 1612 году стараниями Хокинса Джахангир даровал Ост-Индской компании своим фирманом (указом) право вести торговлю и основывать фактории на землях его империи. Однако по-настоящему угодить делийскому двору англичане смогли в 1614 году, когда помогли индийцам отстоять город Гогу, на который напали португальцы. За этот подвиг Великий Могол издал другой фирман, давший англичанам право беспрепятственно торговать по всей Индии, а в 1624 году у компании уже был новый указ, позволявший беспошлинно торговать в Сурате, Камбее и ряде других городов. К тому же Могол милостиво разрешил компании захватывать любые неиндийские суда (чем англичане, собственно, и раньше не брезговали).
Проблемы у компании возникали не только с восточными деспотами, но и на родине, где чиновники были не прочь поучаствовать в дележе прибыли. Так, в 1622 году флот компании помог персидским кораблям разгромить португальский флот у Ормуза. Добыча оказалась огромной, а потому тогдашний лорд-адмирал герцог Букингем, воспетый впоследствии Александром Дюма в «Трех мушкетерах», потребовал своей доли. Директора компании отказали королевскому фавориту на том основании, что компания действовала при Ормузе на свой страх и риск, как то и определялось ее хартией, и не получала никакой поддержки от адмиралтейства. Между Букингемом и Ост-Индской компанией началась долгая тяжба, в которой у акционерного общества не было шансов на победу, поскольку дело рассматривалось в адмиралтейском суде. К тому же Букингем начал под разными предлогами задерживать корабли компании в портах, что приносило значительные убытки. В итоге директора пошли на мировую и выплатили герцогу f10 тыс.
Английское правительство тоже не всегда соблюдало условия хартии. Протектор Английской республики Оливер Кромвель относился к монополии толстосумов из Сити без особого почтения и даже не пытался оберегать привилегии компании. Возникшая конкуренция резко понизила доходы акционеров, и в 1657 году компания объявила о намерении продать хартию на Лондонской бирже. В том же году Кромвель сменил гнев на милость и предоставил компании новую хартию, заодно реформировав ее паевую систему. Если раньше взносы делались для каждой экспедиции, а прибыль делилась после возвращения, то теперь компания превращалась в акционерное общество в современном смысле: купцы-пайщики становились держателями акций, по которым начислялись дивиденды.
В 1698 году корона преподнесла компании неприятный сюрприз, не встав на защиту дарованных хартиями монопольных прав. Английские купцы, недовольные привилегиями акционеров, создали новую компанию, которая взялась торговать с Индией без лицензии Ост-Индской компании. Дело несколько раз чуть не доходило до поножовщины между агентами двух компаний. Спор разрешился в 1702 году, когда обе фирмы составили Объединенную