Томашек был единственным чешским епископом, который принял участие во всех заседаниях Второго Ватиканского собора. За вклад в развитие экуменизма делегация Русской православной церкви, наблюдавшая за ходом Собора, уделила ему памятную медаль.
Очевидно, коммунистические власти ожидали, что новый пражский епископ станет их верным помощником. Действительно, он, по-видимому, долгое время оправдывал их ожидания. Так, в «Заявлении», опубликованном в газете «Руде право» 23 января 1977 г., от «Хартии» дистанцировались и католические иерархи Чехословакии, включая Ф. Томашека, который к тому моменту уже стал кардиналом126. Это, разумеется, вызвало разочарование граждански ориентированных католиков. Ф. Томашека навестила католическая активистка Мария Рут Крижкова, а о. Йозеф Звержина вступил с кардиналом в переписку, объявив, что, в его понимании, архиепископ, подписав такой текст, изменил своему пастырскому долгу: «Отче епископ, я не знаю, был ли вам предложен готовый текст „Заявления ординариев ЧСР“, которое Вы подписали, или это действительно творчество ординариев. Однако и то и другое очень плохо – и я вынужден вам возражать. 1. „Мы спокойно защищаем свое место в этом обществе, и нам не нужно никаких внешних стимулов. Мы знаем свою сословную ответственность перед Богом и людьми“. Я не осмеливаюсь говорить от имени Бога во имя народа Божьего, а только во имя правды. Я боюсь, что вы не защищаете свое место, но что вы во всем уступили и выступаете перед общественностью лишь тогда, когда этого требует государственная пропаганда. ЭТО злоупотребление церковью и религией!.. 2. Вы очень четко, решительно и принципиально заявляете, что вы не подписывали „Хартию“. Тогда почему вы осуждаете людей, которые „алчут и жаждут правды“, „блаженные, гонимые за справедливость“? „Хартия“ говорит о правах человека и гражданина и о религиозной свободе – то есть о том, о чем вы должны были говорить прежде всего… Вы часто говорите о любви, но любовь – это душа справедливости… Некоторое время назад я писал о болезнях церкви у нас президенту Гусаку. Я не получил ответа. Теперь я был морально вынужден, без всяких внешних воздействий, сознавая свою личную и сословную ответственность за права человека и церкви, подписать „Хартию-77“… Знайте, что я и мои друзья несем вместе с Вами бремя жаркого дня»127. Также к Томашеку в конце января – начале февраля 1977 г. обратились с меморандумом монашеские ордена128 и призвали кардинала перестать умалчивать о плачевной ситуации монашеских общин. Все это возымело действие, и Томашек, начиная с 1978 г., стал принимать у себя новоназначенных спикеров «Хартии»: «Символическая встреча, которая имела позитивные последствия и способствовала изменению мышления с обеих сторон»129.
Более