Перший тривожний дзвіночок для гіпотез Коперника пролунав від протестантів. Вже Мартін Лютер (1483–1546) в одній зі своїх «застільних бесід» різко висловився про того «нового астронома» з його базіканням про рух Землі. «Цей божевільний хоче перевернути астрономічну науку з ніг на голову. Але, як написано у Святому Письмі, Ісус Навин наказав зупинитися Сонцю, а не Землі».
У свою чергу Філіпп Меланхтон (1497–1560), учений і великий шанувальник робіт Сакробоско, у праці, присвяченій доктринам фізики, звинуватив Коперника у «браку чесності й гідності» через його безглузді теорії, які суперечать усьому, що сказано у Святому Письмі.
У коментарі до Книги Буття Жан Кальвін (1509–1564) задався питанням: «Та хто наважиться поставити авторитет Коперника вище за Духа Святого?» Однак у реформаторських Церков не було інструментів впливу, достатньо ефективних, аби подолати ідеї Коперника. Зате вони були в Римської Церкви. Цей інститут не одразу почав протистояння з польським астрономом, і католицькі священники навіть обговорювали можливість ввести в оману Галілея, сказавши, що Папа Римський визнає його теорію. Справи йшли по-різному; можливо, сам перехід від гіпотез до теоретичних положень, який відбувся завдяки дослідженням Галілея, призвів до того, що у 1616 р. Свята інквізиція виступила з критикою теорій Коперника й оголосила їх несумісними з доктринами католицької Церкви.
Авторитет Біблії
Одразу постає питання, чому космологія у Книзі Буття не заборонила прийняття системи Птолемея. Тексти Святого Письма вважалися фундаментальними для віри, хоча вони містили окремі рядки, де не йшлося прямо про рух Сонця чи стійку позицію Землі, зате вони могли бути інтерпретовані як засоби виразності для більшої зрозумілості – за тими самими критеріями, за якими у Біблії говориться про руки чи ноги Господа і про каяття. По суті, система Коперника спричинила справжню революцію у відносинах між людиною, Всесвітом і Богом. Відтоді як Земля стала, як і всі інші, планетою, описане у Книзі Буття перестало відігравати настільки важливу роль і почало сприйматися радше як алегорія.
Зруйнована система
Якщо Земля виявилася лише однією з решти планет, то й історія про людське падіння й спокуту може бути поставлена під сумнів, оскільки в інших світах теж має хтось жити. Було нелегко повірити в людську подобу американських аборигенів, але ідея про існування життя поза межами Землі була ще більш неймовірною. Інакше людина разом із Землею втратили б головну роль у Створенні світу; відповідно, Земля була б лише одним із багатьох небесних тіл, і вже не було б того світу, де правив би Сатана, так