Гоа стає резиденцією архієпископа
Порівняно з діями іспанців у Америці й на Філіппінах, португальські місіонери та Церква діяли із затримкою та менш швидким прогресом. Причин для цього було кілька. З одного боку, слід узяти до уваги той факт, що на Сході португальці зазвичай перебували лише на своєрідних вартових постах і ринках, які нечасто заходили за берегову лінію. Тому місіонери не мали доступу до достатньої кількості території і населення та обмежувалися роллю церковних колоній; якщо їм і вдалося когось навернути до християнства, то це були окремі особи, а не цілі народи. З іншого боку, ситуацію ускладнювали жадібність португальських купців і постійні сутички з місцевим населенням, тому в місцях конфлікту було складно промовляти проповіді. На першому етапі місіонерства в Індії можна було побачити представників таких старих орденів, як францисканський та домініканський. Безпосередня мета їхніх проповідей полягала в хрещенні людей та будівництві церков. На другому етапі в центрі опинилася діяльність ордену єзуїтів та постатей на взірець Франсіско де Хасса, також відомого як Франциск Ксав’єр (1506–1552?), і Роберто де Нобілі.
Франциск Ксав’єр
Франциска Ксав’єра, якого канонізували в 1622 р. за зразкову місіонерську діяльність на Сході, направили до Індії як легата Папи Павла ІІІ, і з 1549 по 1551 р. він відвідав Кочі, Молуккські острови та Японію. Франциск Ксав’єр діяв із надзвичайним завзяттям і був переконаний, що місіонери мають розуміти культури інших народів і вміти до них адаптуватися. Ця здатність подобатися місцевому населенню сприяла тому, що жителі Сходу значно швидше отримували й опановували його засноване на суворій дисципліні ортодоксальне вчення.
Водночас Роберто де Нобілі надихався релігійним синкретизмом у своїй місіонерській діяльності. Він вважав, що перенесення західних систем й установ на Схід позбавляє християнство шансів на тривалий успіх. Відповідно, його хрещені можуть зберігати свої індуїстські звичаї, поки не перетинають гнучких меж ортодоксії. Сам єзуїт вивчав тамільську мову і санскрит, аби краще розуміти місцевих жителів і перекладати їм слово Боже.
Алессандро Валіньяно
Іншими представниками єзуїтського ордену, які зробили вагомий внесок у європейську євангелізацію на Сході, були Алессандро Валіньяно (1539–1606) і Маттео Річчі (1552–1610). Діяльність першого зосереджувалася в Японії, де після смерті Франциска Ксав’єра залишилося три християнські спільноти з близько тисячею віруючих. Завдяки стратегії масового навернення до віри й хрещення в 1580 р. кількість християн в Японії досягла 150 000 осіб. Місіонер примусив своїх колег вивчати місцеву мову й заснував дві семінарії для навчання духовенства. Однак наприкінці століття розвиток та поширення