В ноябре 1918 года во Владивосток стали стекаться гардемарины. Из Сайгона прибыла группа, состоявшая из 5 офицеров и 45 гардемаринов. Свыше 100 человек прибыло из Харбина, из них отчислили 20 человек, 10 человек ушли по собственному желанию. В результате тщательного отбора в Училище в совокупности осталось 129 человек. Но уже 2 декабря многих списали в Морскую роту и отправили воевать: одних к атаману Г. М. Семенову, а других на создаваемую Камскую речную флотилию под начальство старшего лейтенанта В. С. Макарова (сын адмирала С. О. Макарова) и мичмана Г. А. Мейрера, выпускника Морского корпуса 1917 г. Часть (среди них 26 гардемаринов Морского корпуса) направили в создаваемую сухопутную школу Нокса на Русском острове, в бывшие казармы 35-го Сибирского стрелкового полка. Перед началом занятий после проведенных чисток в Училище осталось 129 гардемаринов.
Приказом командующего Сибирской флотилией от 16 декабря 1918 г. был объявлен временный штат Морского училища. Количество гардемаринов устанавливалось в 150 человек. В учебу принимались «молодые люди всех сословий и вероисповеданий, окончившие одно из средних учебных заведений и имеющие не менее 17 и не более 21 года от роду». В училище было два отделения: строевое и механическое. Обучение предполагалось трехлетнее, с присвоением по окончании звания мичмана
Распоряжением адмирала А. В. Колчака во Владивостоке был также сформирован Специальный учебный отряд кораблей Морского училища. В его состав входили канонерская лодка «Манджур», миноносец «Смелый», посыльное судно «Якут» и два ледокола – «Улисс» и «Диомид». В декабре того же года (1918) во Владивосток вернулись из-за границы миноносцы «Бойкий» и «Грозный», а также вспомогательный крейсер «Орел», которые сразу же были включены в состав судов Учебного отряда.
На первых порах в Морском училище занимались по конспектам, так как учебников не было. Позднее в Шанхае удалось наладить печатание некоторых учебников и таблиц логарифмов. Практические занятия проводились в богато оборудованных портовых мастерских.
Младшую роту Училища летом 1919 года отправили на практические занятия на канонерской лодке «Манджур». Гардемарины старшей роты в начале лета 1919 г. после экзамена были произведены в старшие гардемарины и ушли в плавание на север на судах Учебного отряда. На посыльном судне «Якут» (командир старший лейтенант Корнеев, штурман лейтенант Рыбин) находились 45 человек, на ледоколе «Улисс» (командир старший лейтенант Винокуров, штурман лейтенант Цветков) и «Диомиде» (командир лейтенант Иванов, штурман мичман Троян) – по 35 человек, и 3 человека на шхуне «Тюлень», всего 118 человек.
В 1919—1920 учебном году был расширен штат Училища – образована 3-я рота. Набор состоял из кадетов сухопутных корпусов и нескольких кадетов