Строительство больницы при отделении было задумано еще в 1870 году, но проект был отклонен до выплаты долгов за медицинское обслуживание арестантов Владимирской земской управе.
Число арестантов к 1879 году составило 440 человек, из них 300 человек отправлялись на работу вне отделения. 14 апреля 1879 года начальник отделения поделился своими соображениями: «Помещение больницы может быть устроено в том же здании, где помещается в настоящее время больничный покой с 20-ю кроватями».
Вопрос о расширении и переустройстве помещений необходимо было срочно решать. В итоге был создан строительный комитет.
9 июля 1902 года проекты и сметы на расширение и перестройку были готовы. Предусматривались следующие работы: 1) устройство камер ночного разъединения, 2) проведение водяного отопления, 3) канализации, 4) водопровода, 5) бетонирование сводов, 6) внутреннее оборудование корпусов, 7) асфальтовые работы, 8) малярные и штукатурные.
Контракт на производство всех этих работ был заключен с торговым домом «Э. Розен и В. Игнатьевич-Завилейский» в 1903 году, но работы продлились недолго. Торговый дом был объявлен несостоятельным должником. Новый контракт на завершение работ по расширению и переустройству исправительного отделения был заключен 19 мая 1904 года с фирмой «И.М. Либензон». 28 июля 1904 года проект и смета исполняющего дела губернского архитектора П.Г. Бейна на постройку трехэтажных мастерских отделения были утверждены.
В «Обзорах Владимирской губернии» отмечалось: на ремонт и расширение Владимирского исправительно-арестантского отделения в 1903 году израсходовано 128145 рублей 89 копеек. В 1904 году – 74 481 рубль 68 копеек. За 1905 год – 14 329 рублей 36 копеек и на работы по постройке нового здания для мастерских 29 126 рублей 97 копеек. За 1906 год – 1356 рублей 50 копеек. 18 февраля 1906 года младшим инженером П.И. Невским и губернским архитектором П.Г. Бейном при участии начальника исправительного отделения было произведено освидетельствование строительных работ. При осмотре оказалось, что внутреннее оборудование арестантских и административных корпусов не совсем закончено. Главное тюремное управление требовало завершить все работы к 1 октября 1906 года.
Указом Николая II от 13 декабря 1895 года Главное тюремное управление было передано в Министерство юстиции. Передача Главного тюремного управления в новое ведомство сопровождалась полным сохранением самостоятельности в своей деятельности. Жесткая централизация управления тюремными делами в одном ведомстве способствовала выведению российской пенитенциарной системы в число передовых. Известный тюрьмовед, юрист и психолог, профессор Московского университета, Государственного Московского психоневрологического института и Тулузской академии наук С.В. Познышев писал, что «сосредоточение управления тюрьмами в одном