До самого кінця свого життя Петро Могила не забував про своє дітище. Він заповідав колегії свої будинки на Подолі, декілька сіл і хуторів, більше 80 тисяч золотих готівкою, а також безцінну бібліотеку із понад 2000 томів. І наприкінці митрополит просив своїх послідовників «берегти колегію як єдине його надбання».
Цікаво, що хоча Києво-Могилянську колегію і заснували на противагу католицьким учбовим закладам, але її структура і система навчання багато в чому були побудовані за зразком єзуїтських колегіумів. «В учбовому відношенні Київська колегія розділялася на дві конгрегації: вищу і нижчу, – писав відомий руський і український історик М. І. Костомаров у своїй праці «Руська історія в життєписах її найголовніших діячів». – Нижча, у свою чергу, підрозділялася на шість класів: фара, або аналогія, де навчали одночасно читанню і письму на трьох мовах: слов'янській, латинській і грецькій; інфіма – клас первісних відомостей; за нею клас граматики і клас синтаксими, в обох цих класах йшло вивчення граматичних правил трьох мов – слов'янської, латинської і грецької, пояснювалися і перекладалися різні твори, проводилися практичні вправи в мовах, викладалися катехізис, арифметика, музика і нотний спів. Слідом – клас поезії, де головним чином викладалася піїтика і писалися всілякі вправи по віршодії як російської, так і латинської. За піїтикою – клас риторики, де учні вправлялися в писанні промов і міркувань на різні предмети, керуючись особливо Квінтилліоном і Цицероном. Вища конгрегація мала два класи: перший був клас філософії, яка викладалася по Арістотелю, пристосованому до викладання в західному латинському керівництві, і розділялася на три частини: логіку, фізику і метафізику; у цьому ж класі викладалися геометрія і астрономія. Інший, самий вищий, був клас богослов'я; богослов'я викладалося, головним чином, за системою Хоми Аквіната».
Курс навчання в Києво-Могилянській колегії складав 12 років. Проте в принципі студенти мали право вчитися скільки завгодно. Учнів не відраховували за те, що вони не вивчили уроку або взагалі не склали іспити (напевно нинішні студенти не зможуть без заздрості прочитати про це). Досить було привести яку-небудь вагому причину, наприклад, відсутність необхідних підручників або коштів на покупку нового одягу. Таке ліберальне відношення приводило до того, що число учнів постійно росло і до