Именно в годы правления митрополита Геронтия в жизни Русской Церкви начались серьёзнейшие духовные споры, в том числе и борьба с ересью «жидовствующих», повлекшие за собой значительные изменения всей жизни русского общества и государства. В эти споры и в эту борьбу оказались вовлечены и последующие митрополиты: Зосима (митрополит в 1490–1494 гг.) и Симон († 1511). Судьба их оказалась различна. Зосиме, подозреваемому в склонности к ереси и обвинённому в пьянстве и нерадении о церковных делах, пришлось оставить митрополичий стол «не своей волею». Симон, наоборот, принял активное участие в борьбе с ересью, хотя нередко открыто выступал против деяний Ивана III: «печаловался» об «опальных», протестовал против планов секуляризации церковных земель и др.290
С именем митрополита Симона связано ещё одно важное событие в церковно-государственных отношениях: он был первым из русских духовных владык, которому в 1495 г. митрополичий жезл вручил сам великий князь. С той поры утверждение глав Русской Церкви стало прерогативой московского великого князя. Как отмечают исследователи, «чин поставления Симона в митрополиты, при котором великий князь вручал поставляемому пастырский жезл, как бы закреплял за великим князем канонические права византийского императора и прежде всего, права инвеституры»291. Позднее эти права перешли к русскому царю.
В дальнейшем можно найти немало примеров, когда русские правители, ощущая себя самодержавными, то есть независимыми государями, достаточно вольно обращались с церковными владыками. В 1521 г. по требованию великого князя Василия III с митрополичьего стола был сведён митрополит Варлаам (занимавший кафедру с 1511 г.), отказавшийся развести московского правителя с первой женой. В 1568 г. по приказу царя Ивана IV Васильевича был насильно низложен митрополит Филипп (глава Церкви с 1566 г.), отказавший благословить опричные деяния. В 1586 г. царь Фёдор Иванович отставил от кафедры митрополита Дионисия (бывшего в это роли с 1581 г.), посмевшего обличать царского шурина Бориса Годунова. Более того, даже бояре, дорвавшиеся до самостоятельной власти, начинали вести себя «самодержавно» по отношению к главам русской Церкви: в 1539 г. бояре Шуйские низложили митрополита Даниила (митрополит с 1521 г.), а в 1542 г. отправили на покой неугодного им митрополита Иоасафа (митрополит с 1539 г.). Время правления других духовных владык в XVI столетии было недолгим, они либо сами уходили на покой, как это сделал в 1566 г. не пожелавший оправдывать опричнину митрополит Афанасий (митрополит с 1564 г.), либо, как Кирилл (правил в 1566– 1572 г.) и Антоний (правил в 1572–1581 гг.), не вступали ни в какие конфликты со светской властью, а тихо и мирно оканчивали свои дни в митрополичьем сане (правда, незадолго до кончины