Николай задумал перестроить дворец в более приличествующем Кремлю русском стиле и заказал архитектору К.А. Тону проект перестройки, утвержденный в 1851 г., но до кончины Николая успели только выстроить крыльцо с шатровым верхом, а дальнейшую перестройку запретил новый император Александр II, сказав: «Мне гораздо приятнее иметь старый исправленный без перемены дворец, чем вновь построенный с фасадом Тона».
В 1874 г. под руководством архитектора Н.А. Шохина началась реставрация порядком обветшавшего здания с условием строгого сохранения его внешнего и внутреннего вида. Во время работ открылись сооружения кремлевского рва времени Ивана Калиты, остатки древних зданий, а также были обнаружены более 2 тысяч скелетов, захороненных потом во дворе монастыря у церкви Чуда Архангела Михаила. Тщательная реставрация окончилась в 1878 г.
В 1917 г., во время обстрела Кремля большевиками, значительные разрушения были нанесены Чудову монастырю. Известный искусствовед А.М. Эфрос писал: «Сильнее всего разворочен Чудов монастырь. Его стены, окна, крыльцо представляли сплошную рану. Стены пробиты насквозь, искрошены наличники окон, разбиты колонны крыльца; внутренние части монастырских помещений, главным образом архиерейские покои, чрезвычайно пострадали».
После переезда ленинского правительства в Москву оно заняло Кремль, но тогда не все здания использовались новыми хозяевами, и, конечно, они не чувствовали себя в безопасности даже за высокими стенами Кремля… Они боялись всех, а особенные подозрения вызывали у них монахи кремлевских монастырей. Как бесхитростно рассказывал первый советский комендант Кремля матрос П.Д. Мальков, «больше всего хлопот и неприятностей доставляли мне монахи и монахини, так и сновавшие по Кремлю в своих черных рясах… Вот тут и охраняй и обеспечивай Кремль от проникновения чуждых элементов!»
Я.М. Свердлов, которому подчинялся кремлевский комендант, считал, что «давно пора очистить Кремль от этой публики», и Ленин тут же дал свое согласие. «Ну что же, – передает его слова комендант, – я не против. Давайте выселяйте. Только вежливо, без грубости».
Мальков отправился к настоятелю: «Есть, говорю, указание Ленина и Свердлова переселить вас всех из Кремля, так что собирайтесь».
Насельников монастырей выгнали в 1918 г., но чудовские монастырские здания простояли еще почти 10 лет, их использовали как общежития, открыли клуб ВЦИКа (Центрального исполнительного комитета) на втором этаже, а на первом – типографию ВЦИКа и переплетную мастерскую, классы пулеметных курсов и открыли кооперативный магазин для тех, кто не удостоился получать государственные пайки. Малый Николаевский дворец достоял до 1929 г., когда он был сломан вместе с Чудовым и Вознесенским монастырями.
В декабре 1929 – начале 1930 г. все монастырские постройки снесли. В журнале «Архитектура