Как и в других монастырях, в Чудовом монастыре находилось кладбище, на котором похоронили последнего казанского царя Едигера, принявшего крещение под именем Симеон; в монастыре покоились сват царя Алексея Михайловича боярин Борис Иванович Морозов, Карион Истомин, многие из знатных фамилий Трубецких, Оболенских, Хованских, Щербатовых, Куракиных, Стрешневых.
Во время оккупации Москвы наполеоновскими войсками в алтаре собора маршал Даву устроил свою канцелярию, где, сидя за священным престолом, подписывал бумаги и принимал просителей, что воспроизвел Верещагин в серии картин, посвященных Отечественной войне 1812 г.
Рядом с Чудовым монастырем стояло небольшое уютное здание с изящной угловой полуротондой – так называемый Малый Николаевский дворец.
Малый Николаевский дворец
Во времена Ивана III здесь находились двор брата государя князя Юрия Ивановича Дмитровского и несколько других дворов, принадлежавших боярам. Царь Иван IV приказал очистить весь участок и построить двор для своего глухонемого брата, князя Юрия Васильевича, что и было сделано в продолжение трех месяцев осенью 1560 г. Князь Юрий прожил здесь немного – через четыре года он умер, и двор купил боярин Иван Шереметев Большой, заплативший за него огромную по тем временам сумму – 7800 рублей да еще давший в придачу два других своих двора. После Шереметевых двором стал владеть известный политический деятель царствования Михаила Федоровича, знатный и богатый боярин Борис Иванович Морозов, а с 1677 г. двор – собственность Чудова монастыря.
По указу Синода 1744 г. этот двор стал жилищем главы Московской епархии. Сюда 15 сентября 1771 г. пришла толпа москвичей, возмущенная запретом архиепископа Амвросия собираться у иконы на Варварской площади – дело было во время чумной эпидемии в Москве, и власти, естественно, боялись распространения болезни. Озлобленной толпе нужно было найти конкретных виновников трагедии, и гнев обезумевших от жажды крови обратился на Амвросия. Собравшиеся на Варварской площади бросились в Кремль, сюда, в палаты архиепископа, и, не найдя его там – он успел укрыться в Донском монастыре, – разгромили дом: «…все окончины перебили, стулья переломали, оборвали и, одним словом, весь домашний убор с крайним ругательством в ничто обратили». На следующий день архиепископа нашли на хорах Большого собора Донского монастыря, выволокли невинную жертву оттуда и зверски убили. Это было началом Чумного бунта 1771 г., укротить который смогли лишь войска под командованием генерал-поручика П.Д. Еропкина.
Новый глава Московской епархии архиепископ Платон в 1775 г. начал строительство дома для себя заново. Средства на постройку – 40 тысяч рублей – выдала сама Екатерина II, а архитектором пригласили Матвея Казакова, который строил для Платона ранее архиерейские палаты в Твери и церковь