Суд над еретиками происходил в Кремлевском дворце в присутствии Ивана III и Боярской думы. Обвиняемые защищались очень грамотно и все время подчеркивали свою приверженность к православию. В результате Иван III отклонил требования Геннадия и К° «жечи да вешати». Часть подсудимых была освобождена, остальные приговорены к различным наказаниям. С монаха Захария содрали иноческое платье и выдали епископу Нифонту, «а Дениса попа поточиша в Галич». Содержали их в таких нечеловеческих условиях, что Денис лишился рассудка, заблеял козлом и умер после месячного заточения.
Протопопа Софийского собора Гавриила, дьяка Гридю и других новгородцев отправили на расправу на родину. В Новгороде Геннадий и братья Кошкины устроили аутодафе в лучших традициях Торквемады. Еретиков облачили в вывороченные наизнанку одежды. На головы им надели высокие берестяные остроконечные колпаки с мочальными кистями и соломенными венками. На берестяных колпаках были нарисованы черти и написано «се есть сатаны воинство». В таком виде еретиков сажали на лошадей лицом к хвосту и возили по городу. Аутодафе закончилось сожжением колпаков на головах у осужденных. Интересно, сам ли архиепископ Геннадий вкупе с братьями Захарьевичами придумал сей ритуал, или они получили какую-то информацию с Запада, где тогда проводили аналогичные мероприятия?
Покончив с Господином Великим Новгородом, Иван III решил разделаться и с Тверским княжеством. Тверь оставалась формально независимой, но ее князь Михаил Борисович был верным вассалом Москвы. Тверские отряды вместе с Иваном III ходили на Новгород, а в 1480 г. участвовали в «стоянии на реке Угре». Сам Михаил Борисович был ограниченным и, мягко выражаясь, недалеким человеком и не мог представлять никакой угрозы Ивану III. Тем не менее 21 августа 1485 г. войско Ивана III вышло из Москвы, а с севера на Тверь двинулся отряд новгородцев под командованием Якова Кошкина. 8 сентября началась осада Твери. 11 сентября к Ивану перебежало несколько тверских бояр. А на следующую ночь Михаил Тверской бежал в Литву. Через пять лет летописец кратко запишет о нем: «Борисович Михайло. Играл в дуду. И предал Тверь. Бежал в Литву».
В 1494 г. в Ревеле местные власти сожгли какого-то русского за какое-то «гнусное преступление». Дело безвестного мелкого купца или холопа не стоило и выеденного яйца. Но на запрос из Новгорода магистр гордо ответил: «Мы сожгли бы Вашего князя, если бы он у нас сделал тоже». Яков Кошкин поспешил наябедничать в Москву. Ивана это сильно задело. Он потребовал, чтобы Ливонский орден выдал ему на расправу ревельский магистрат, на что, естественно, получил отказ. Иван в отместку повелел Якову Кошкину схватить в