В 1487 г. по доносу Якова Захарьевича Иван III выслал из Новгорода пятьдесят семей лучших купцов и перевел их во Владимир. В следующем году Яков и Юрий открывают «ужасный» заговор новгородцев, которые хотели убить братьев. В Новгороде начинаются массовые казни – кого вешают, кому рубят головы. По доносу Захарьевичей Иван III повелел выселить из Новгорода семь тысяч житных людей (домовладельцев) и поселить их в Костроме, Нижнем Новгороде, Владимире и других городах. В следующем 1489 г. Иван III повелел выселить из Новгорода всех остальных (коренных) житных людей. Их также расселили в Средней России, причем многие были убиты по дороге.
На место высланных новгородцев прибывали обозы с переселенцами со всей России. Мы ранее говорили, что многие потомки Андрея Кобылы переселились в Новгород.
По этому поводу историк Н.И. Костомаров писал: «Так добил московский государь Новгород, и почти стер с земли отдельную северную народность. Большая часть народа по волостям была выгублена во время двух опустошительных походов. Весь город был выселен. Место изгнанных старожилов заняли новые поселенцы из Московской и Низовой Земли. Владельцы земель, которые не погибли во время опустошения, были также почти все выселены; другие убежали в Литву».
Надо ли говорить, что в 80-х гг. XV века Новгород покинуло подавляющее большинство иностранных купцов, занимавших ранее целый квартал в городе – «немецкий двор». Бесспорно, в вольном Новгороде было много буйства, но иностранцы были надежно защищены от него. На тот же «немецкий двор» новгородцы могли заходить только днем. Строгий порядок в торговых сделках сменился бесчинствами Захарьевичей. Да и не с кем стало торговать – все партнеры иностранных купцов были казнены или высланы из Новгорода.
Так рухнули торговые связи Новгорода Великого, доставлявшие огромные средства республике. Иван III из жадности зарезал курицу, несшую золотые яйца.
В целом для истории России уничтожение торговых связей Новгорода, а через 30 лет и Пскова привело фактически к изоляции России на 200 лет от Западной Европы. На западе Россию от Европы отгораживали враждебные Литва и Польша, на юге – Оттоманская империя. Северо-западное окно в Европу заколотил сам Иван III, а в начале XVII века шведы лишь заделали щели.
Как видим, с землевладельцами и купцами московские наместники разобрались сравнительно быстро. Новгородское же духовенство оказалось более крепким орешком. Новгород принял крещение одновременно с Киевом. Новгород не испытал татарских набегов, благодаря чему там сохранилось в неприкосновенности рукописное наследие Древней Руси. Тесные связи Новгорода с Западной Европой сказались на уровне знаний духовенства, как писал историк Скрынников: «Так называемая Геннадиевская библия засвидетельствовала этот факт с полной очевидностью.