Для рассмотрения заявления М.Д. Рюмина Политбюро ЦК ВКП(б) 4 июля 1951 г. назначило специальную комиссию в составе Г.М. Маленкова, Л.П. Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева87 (заведующий отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК ВКП(б). Именно он станет министром госбезопасности, а также непосредственным "куратором" первого этапа следствия по делу Абакумова). В этот же день Абакумов был отстранен от исполнения обязанностей министра.
Обвинения Абакумову были аналогичны обвинениям, предъявлявшимся шестью годами ранее им самим Меркулову.
По итогам "проверки" заявления Рюмина 11 июля Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение «О неблагополучном положении в МГБ», в котором Абакумову инкриминировались «обман партии», затягивание следственных дел, злоупотребления властью. Этим же постановлением исполняющим обязанности министра был назначен С.Д. Игнатьев, 9 августа 1951 г. утвержденный в этой должности.
12 июля Абакумов был арестован. За этим ожидаемо последовал также арест ряда "выдвиженцев" опального министра. Позднее к обвинениям в адрес бывшего министра присоединилось еще и «участие в сионистском заговоре в МГБ», что вызвало новые аресты действующих и бывших сотрудников органов госбезопасности.
Однако данные новости, даже руководящим составом министерства, не обсуждались, и не только по этическим соображениям.
Следует подчеркнуть, что, несмотря на применявшиеся к нему жесткие и изощренные способы "выбивания" нужных показаний – была арестована жена и их трехмесячный сын Игорь, применение недопустимых методов ведения следствия (многодневный холодный карцер, длительное заковывание в кандалы), Виктор Семенович не оговорил на допросах никого из своих арестованных подчиненных – не будет преувеличением сказать, что своим мужественным поведением он сохранил им не только свободу, но и жизнь (почти все из них были освобождены, со снятием обвинений, в марте-апреле 1953 г.).
Несмотря на серьезные изменения политических условий в стране, В.С. Абакумов – находился под следствием 41 месяц, и за это время сменилось 4 министра-"куратора" его дела – С.Д. Игнатьев, Л.П. Берия, С.Н. Круглов, И.А. Серов, что уже само по себе наводит на мысль о его политическом "заказе".
19 декабря 1954 г. в Ленинградском окружном доме офицеров на выездном заседании Военной коллегией Верховного Суда СССР В.С. Абакумов был осужден к высшей мере наказания88.
На наш взгляд, следует подчеркнуть, что в декабре 1997 г. Главной военной прокуратурой Российской Федерации Абакумов был реабилитирован по части инкриминировавшихся ему деяний: измена Родине, участие «в сионистском заговоре», затягивании следственных дел. Но, в тоже время, он не был реабилитирован по обвинениям в нарушениях социалистической законности, в частности – фальсификации так называемых дел "авиаторов" (1946), "Еврейского антифашистского факультета" (1948), "Ленинградского дела" (1949). Однако большинство современных исследователей придерживаются мнения о том,