В первый год войны руководство советского кинематографа официально подтверждало интерес к фильму, но санкции на начало производства не было. Пока Эйзенштейн помогал перестраивать работу Мосфильма в условиях эвакуации, поэт В. Луговской написал песни для фильма, и литературно обработал текст. Такая пауза в работе привела к тому, что сценарий начал прорастать, по словам режиссера, как «мешок картошки на теплой кухне» «массой маленьких эпизодов, реплик, ремарок». Литературный сценарий был готов к декабрю 1941 года. Виктор Шкловский утверждал, что труд Эйзенштейна был «работой противоречивой, спорной и очень тщательной». В конечном варианте сценарий разросся до 200 страниц, к которым Эйзенштейн написал примечания, по мнению Шкловского, «очень сложные, открытые и договоренные»74.
Первая серия фильма начиналась с момента венчания на царство Ивана Грозного, во время которой сразу становилось понятно, что у него есть серьезная оппозиция в лице ближайших родственников, боярства и иностранных держав. После коронации следовал эпизод свадьбы Грозного с Анастасией Романовной. Прямо во время свадьбы в зал вламывалась толпа черни, ведомая Малютой Скуратовым. Она требует остановить всевластие боярства. В этот момент конфликта удается избежать, потому что Москве внезапно объявил войну казанский хан. После взятия Казани Иван Грозный тяжело заболевает. Его приближенные несмотря на страстные мольбы царя отказываются присягнуть малолетнему сыну. Иван Грозный выздоравливает. Тетка царя Ефросинья Старицкая, желая посадить на престол своего сына Владимира, строит заговоры против царя, и травит жену Анастасию. Грозный, надломленный этим событием, уезжает из Москвы в Александрову слободу. В финале первой серии был один из самых эффектных кадров в истории мирового кинематографа, бесконечная вереница людей с иконами, пришедших просить Ивана вернуться на царство.
Сценарий был направлен для утверждения в Москву, где на много месяцев застрял. Красная армия начала контрнаступление под Москвой и вряд ли Сталин имел время на изучение толстенных фолиантов. Тем временем конкурент Эйзенштейна Алексей Толстой в феврале 1942 года представил на суд историков свою пьесу «Иван Грозный»75. Произведение, высоко оцененное властью, вызвало неоднозначные отзывы историков76. Эйзенштейн, уже зная о критике труда конкурента, также рискнул отправить свой труд для отзыва в академический Институт истории СССР. Однако профессора и академики, включая Виппера, не написали отзывов на сценарий. По официальной версии все они были больны. Только Милица Нечкина, специалист по революционному движению XIX века, представила восторженную рецензию. После разгрома школы ее учителя