В период японской оккупации Бирмы в 1942–1945 годах Не Вин занимал ряд командных постов в Армии независимости Бирмы, был начальником штаба Армии обороны Бирмы.
В 1944 году в звании полковника вошёл в состав Высшего совета Антифашистской лиги народной свободы и Военного совета АЛНС, в 1945 году командовал бирманскими войсками в районе дельты реки Иравади. В 1947 году Не Вин был избран членом Учредительного собрания, которое 4 января 1948 года провозгласило независимость Бирмы. В разгар гражданской войны Не Вин был назначен главнокомандующим армией, а в апреле 1949 года занял также посты заместителя премьер-министра, министра обороны и министра внутренних дел. В 1950-х годах генерал Не Вин неоднократно возглавлял военные миссии, выезжавшие в США, Великобританию, Индонезию, Югославию, Израиль и КНР.
Летом 1958 года в Бирме разразился затяжной политический кризис, во время которого парламенту из-за отсутствия в нём стабильного большинства не удалось сформировать правительство. В этих условиях премьер-министр У Ну предложил передать власть влиятельному, но формально политически нейтральному главнокомандующему Не Вину, чтобы тот «восстановил в стране закон и порядок» и провёл новые парламентские выборы. 26 сентября У Ну официально заявил о своём решении в парламенте, и Не Вин, принимая предложение, выступил с ответной речью, в которой заявил, что приложит все усилия для достижения мира в стране и ни при каких обстоятельствах не порвёт с политикой строгого нейтралитета. 28 октября 1958 года после голосования на заседании Палаты представителей председательствующий Ман Ба Саинг объявил, что Не Вин единогласно избран премьер-министром.
Возглавив временное правительство, генерал Не Вин ввёл жесткие меры против оппозиции. 20 ноября 1958 года палата депутатов парламента Бирмы приняла чрезвычайный закон, предусматривавший до 7 лет тюремного заключения за распространение антиправительственной информации. Он лишил прав и привилегий шанских князей.
Правительство Не Вина провозглашало политику нейтралитета, заключило Договор о дружбе и взаимном ненападении с Китайской Народной Республикой и соглашение о границе, требовало признания прав КНР на место в Совете Безопасности ООН, выступало за прекращение испытаний ядерного оружия и поддерживало советские инициативы по разоружению. Армия Бирмы предприняла наступление на части разбитой в 1949 году гоминьдановской армии Китая, действовавшие на севере страны.
В феврале 1960 года временное правительство провело всеобщие выборы, и Не Вин уступил власть У Ну. Но уже 2 марта 1962 года бирманская армия осуществила