Новгород тоже не сидел сложа руки. Из горожан было сформировано ополчение, численность этой армии достигала сорока тысяч человек, однако её боеспособность, в связи с поспешностью формирования из не обученных военному делу горожан, оставалась низкой. 14 июля между противниками началось сражение. В ходе битвы на Шелони новгородская армия была наголову разгромлена. Потери новгородцев составили 12 тысяч человек, около двух тысяч человек попало в плен. 11 августа 1471 года был заключён мирный договор, согласно которому Новгород обязывался выплатить контрибуцию в 16 000 рублей, сохранял своё государственное устройство, однако не мог «отдаватися» под власть литовского великого князя; великому князю московскому была уступлена значительная часть обширной Двинской земли. Но до окончательного поражения Новгорода прошло еще несколько лет, пока 15 января 1478 года Новгород сдался, вечевые порядки были упразднены, а вечевой колокол и городской архив были отправлены в Москву.
Отношения с Ордой, и без того бывшие напряжёнными, к началу 1470-х годов окончательно испортились. Орда продолжала распадаться; на территории прежней Золотой орды, помимо непосредственного преемника («Большой Орды»), образовались также Астраханская, Казанская, Крымская, Ногайская и Сибирская Орды. В 1472 году хан Большой Орды Ахмат начал поход на Русь. У Тарусы татары встретили многочисленное русское войско. Все попытки ордынцев переправиться через Оку были отбиты. Ордынскому войску удалось сжечь город Алексин, однако поход в целом окончился провалом. Вскоре Иван III прекратил уплату дани хану Большой Орды, что неминуемо должно было привести к новому столкновению. Летом 1480 года хан Ахмат двинулся на Русь. Иван III, собрав войска, направился на юг, к реке Оке. В течение двух месяцев готовая к бою армия ждала противника, однако хан Ахмат, также готовый к бою, не начинал наступательных действий. Наконец, в сентябре 1480 года хан Ах-мат переправился через Оку южнее Калуги и направился по литовской территории к реке Угре. Начались ожесточённые столкновения. Попытки ордынцев переправиться через реку были успешно отбиты русскими войсками. Вскоре Иван III отправил к хану посла Ивана Товаркова с богатыми дарами, прося его отступить прочь и «улус» его не разорять. 26 октября 1480 года река Угра замёрзла. Русская армия, собравшись вместе, отошла к городу Кременцу, затем к Боровску. 11 ноября хан Ахмат отдал приказ отступить. «Стояние на Угре» завершилось фактической победой Русского государства, получившего желанную независимость. Хан же Ахмат вскоре был убит; после его смерти в Орде разгорелась междоусобица.
В состав Русского государства были также включены народы Севера. В 1472 году была присоединена «Великая Пермь», населенная коми, карельские земли. Российское централизованное государство становилось многонациональным