6 декабря 1916 года Михаил Коронатович получил чин вице-адмирала. Над Россией сгущались сумерки, приближались смутные революционные события.
21 августа 1917 года Бахирев возглавил Морские силы Рижского залива. Пожалуй, именно опыт и авторитет адмирала Бахирева во многом повлияли на то, что флот в тяжелейших условиях 1917 года оказался на высоте.
Приказом № 37 от 12 января 1918 года адмирал Коронат был уволен со службы без права на получение пенсии. Пришлось на пороге 50-летия стать заведующим учетным отделением Центрального народно-промышленного комитета. И это был не самый худший вариант. В начале августа 1918 года Бахирева арестовали, и он провел в тюрьме чуть больше семи месяцев, его освободили 13 марта 1919 года. А вскоре Михаил Коронатович стал сотрудником оперативного отдела Морской исторической комиссии (Морискома).
Там он написал в двух экземплярах подробное описание рижских боев до эвакуации. Этот отчет – «Командующий Морскими силами Рижского залива вице-адмирал М.К. Бахирев», – датированный 11 июля 1919 года и написанный четким уверенным почерком, в настоящее время хранится в РГАВМФ в фонде р-1579 «Исторический отдел Главного Морского Штаба».
После провала наступления генерала Юденича на Петроград прошла новая волна арестов. 17 ноября 1919 года по обвинению в участии в белогвардейском заговоре арестовали и Бахирева. За два дня до ареста его уволили из Морискома, а еще чуть раньше Михаил Коронатович отказался от попытки бегства в Финляндию, которую ему предлагали.
В.К. Пилкин писал, что об аресте Бахирева было сообщено Верховному правителю с просьбой взять заложников, и, может быть, именно поэтому на заседании 9 января 1920 года Коллегия ВЧК постановила: «Бахирева Михаила… расстрелять, приговор привести в исполнение по особому постановлению Президиума ВЧК, оставив Бахирева в качестве заложника на случай террористических актов со стороны агентов белогвардейцев».
Особое постановление не заставило долго ждать, и через неделю, 16 января 1920 года, Михаила Коронатовича, адмирала Короната, расстреляли.
Бахирев среднего роста, коренаст, несколько по-медвежьи неуклюж и косолап, что называется «неладно скроен, но крепко сшит». Одеваясь перед зеркалом, улыбаясь, говорил: «Есть еще красивые адмиралы в русском флоте» – и, смеясь, добавлял: «А мой портной Каплан говорит: «Трудно на вас шить, ваше превосходительство».
Крепко сшитый Бахирев молодым офицером на канонерской лодке «Манджур» в китайских водах заболел чумой… Страшная болезнь! Но он выздоровел по крепости организма. Понадобилась, разумеется, операция. В маленькой каморке судового лазарета