Будущий герой родился 17 июня (по старому стилю) 1868 года в Новочеркасске, в семье казачьего офицера – ветерана обороны Севастополя 1855 года. Окончив семь классов новочеркасской гимназии, донской казак отправился на берега Невы, навсегда отказавшись от кавалерийской службы ради службы морской. В 1888 году мечта реализовалась – Михаил Бахирев приехал в отпуск на Дон уже в черном флотском мундире, с погонами мичмана. А вместо казачьей шашки по боку постукивал изящный кортик морского офицера. Связей во флотских кругах новоиспеченный мичман не имел, потому «законопатили» его на Тихоокеанский флот, который тогда назывался Сибирским флотским экипажем. Был Бахирев вахтенным начальником канонерской лодки «Бобр», затем штурманским офицером на транспорте «Амур». Лишь через десять лет его, наконец, перевели на более престижный Балтийский флот, чтобы сразу – в январе 1898 года – отправить на Дальний Восток, в длительный поход на канонерской лодке «Гиляк». На канонерской лодке «Гиляк» Михаил Коронатович участвует в Русско-китайской войне, именуемой также Боксерским восстанием, или восстанием ихетуаней.
Весной 1900 года в Поднебесной империи началось национальное восстание против ее оккупации иностранным капиталом. Плохо вооруженные, но храбрые до безумия китайцы сначала имели успех. Они захватили большую часть страны, но в Пекине круговую оборону заняли «белые колонизаторы»: дипломаты, торговцы, туристы. Были среди осажденных и подданные царя Николая II. Армии и флоты Великобритании, Франции, Германии, России, США, чуть позже Италии и Японии – «коалиция союзников» – были направлены на подавление национального возмущения китайцев. К китайскому побережью были стянуты все боевые корабли, оказавшиеся в этих водах. Среди них и канонерская лодка под Андреевским флагом – «Гиляк». Во время этого боя канонерская лодка «Гиляк», у которой даже не было броневого пояса, вела храбрую артиллерийскую дуэль с прибрежными, хорошо укрепленными фортами. В начале боя в «Гиляк» попал 203-мм китайский снаряд, однако канонерская лодка вела бой, несмотря на повреждение, команда потушила возникший пожар, подвела пластырь к пробоине, и через два с половиной часа корабль вновь получил возможность двигаться. Потери команды составили 8 убитых и 48 раненых. Стоит отметить, именно благодаря мастерству комендоров «Гиляка», а также комендоров канонерской лодки «Кореец» (той самой, что героически сражалась в паре с легендарным крейсером «Варяг» в бою у Чемульпо 27 января 1904 года) на фортах были взорваны пороховые погреба. Артиллерийский огонь с канонерок «Гиляк» и «Кореец» сыграл важную роль во взятии фортов Таку, а на приступ его стен бросилась десантная партия моряков под командованием штурманского офицера Бахирева. 4 июня 1900 года, под шквальным, но беспорядочным огнем китайского гарнизона, над фортом Таку был поднят русский флаг. За это он и получил Георгия IV степени – одну из высших военных наград в Российской империи «в воздаяние отличных подвигов храбрости, оказанных при занятии 4 июня 1900 года фортов в Таку».
После окончания Китайской кампании и до начала Русско-японской Михаил Коронатович проходит службу на будущих кораблях-героях морских баталий с Японией, крейсере «Россия», клипере «Джигит», броненосце «Наварин». 18 марта 1904 года его назначают командиром миноносца «Смелый» в Тихоокеанскую эскадру, дислоцирующуюся в Порт-Артуре. В это время командующий Тихоокеанским флотом вице-адмирал С.О. Макаров назначал на боевые корабли только заслуженных, опытных и проверенных офицеров, так что это назначение говорит о степени доверия флагмана к лейтенанту Бахиреву.
Миноносец «Смелый» участвовал во многих боевых выходах, оставаясь в Порт-Артуре до конца осады (во время которой месяц шел за год государевой службы), нес дозорную и тральную службы, обеспечивая чистоту прибрежных фарватеров от неприятельских мин заграждения.
В ночь на 2 мая 1904 года миноносец «Смелый» под командованием Михаила Коронатовича сопровождал вместе с миноносцами «Скорый», «Сердитый» и «Стройный» минный заградитель «Амур», который выполнял задание по постановке мин заграждения в прибрежных водах Порт-Артура, на минах которого 2 мая подорвались и затонули два японских новейших броненосца «Хатцузе» и «Яшима». И это была единственная крупная удача русского флота в ту войну.
Осада Порт-Артура сделала из лейтенанта Бахирева, прошедшего уже и Китайскую кампанию, по-настоящему стойким и выносливым офицером. Уже в середине декабря 1904 года, когда генералы Стессель и Фок поставили вопрос о предательской сдаче крепости, именно лейтенанту Бахиреву поручили возглавить отряд миноносцев и паровых катеров для прорыва блокады и разоружения