Со временем душа Прохора возжаждала более строгого подвига. Видя примеры пустынножительства игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, он испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Получив благословение, Прохор нашел в лесу уединенное глухое место, где и построил себе шалаш. В своей первой пустыньке он предавался богомыслию и совершал правило преподобного Пахомия Великого. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш; Господи, помилуй – 12 раз; Слава и ныне; Приидите, поклонимся – трижды; 50 Псалом; Помилуй мя, Боже; Верую. Затем 100 молитв: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного, и в конце – Достойно есть и отпуст.
Впоследствии он говорил об этом так: «Если не всегда можно пребывать в уединении и молчании, живя в монастыре и занимаясь возложенными от настоятеля послушаниями, то хотя некоторое время, остающееся от послушания, должно посвящать на уединение и молчание. И за это малое Господь Бог не оставит ниспослать на тебя богатую Свою милость».
Вступление на подвиг пустынножительства не обошлось без искушений. Дьявольские нападения внушали послушнику помыслы скуки и уныния. Но чем более восставал враг, тем сильнейшую брань воздвигал на него Прохор и тем пламеннее становился его дух.
Болезнь и исцеление после видения Богородицы
Через два года после вступления в монастырь, в 1780 году, Прохор тяжко заболел водянкою: он весь распух и большею частью лежал в келье неподвижно. Но ни единого слова ропота никто не слышал от него, он старался с терпением и благодарением переносить свою болезнь, чтобы она вменилась ему вместо подвига. Игумен Пахомий и старец Иосиф, горячо полюбившие послушника, с любовью ухаживали за ним.
Состояние его, как и при первой серьезной болезни в детские годы, казалось безнадежным. Отец Пахомий стал настойчиво предлагать обратиться к врачу или, по крайней мере, пустить кровь. Но Прохор кротко ответил ему: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством, причастием Святых Тайн».
Тогда старцы оставили мысль о помощи земных врачей. Старец Иосиф с усердием отслужил бдение и Литургию о здравии болящего, исповедал и причастил его в келье. Прохор стал поправляться. Много-много лет спустя старец рассказывал одной инокине дивеевской, что тогда, в болезни,