В 1584–1606 гг. в Пражском Граде был выстроен Северный дворец, придан современный вид Золотой улочке, дома которой были пристроены вплотную к стене оборонительных укреплений.
При Рудольфе была перестроена часовня Всех святых и завершен декор храма Св. Вита.
В период правления Рудольфа II ренессансный стиль получил в Праге широкое распространение. Его стали использовать при строительстве не только храмов и дворцов, но и при сооружении обычных городских жилых домов, например, домов «У минуты», «У французской короны», «У двух золотых медведей» и др.
С другой стороны, правление Рудольфа II ознаменовалось нарастанием религиозных и национальных противоречий в Праге, приведших впоследствии к восстанию.
Во-первых, при восшествии на чешский престол Рудольфа II в Праге появилось большое количество католических чиновников, принадлежавших к так называемой испанской партии, то есть поддерживавших политику испанского короля, занимавшего главенствующее положение среди остальных представителей династии Габсбургов. Действия католиков, совершенно не учитывавших сложившуюся в Чехии религиозную обстановку, были направлены на укрепление королевской власти и подчинение своей воле всех религиозных и светских вопросов.
Рудольф II
После того как Рудольф II попытался выступить против своего брата эрцгерцога Матвея (Матиаша), подписавшего в Венгрии мирное соглашение с протестантами, с протестом выступило население Чехии и Моравии. В результате Рудольф был вынужден подписать мирное соглашение с Матвеем и пообещать чехам сохранение свободы вероисповедания.
Оппозиционно настроенные чешские сословия в начале 1609 г. собрали в Праге сейм и потребовали от короля признания прав протестантов, однако католическое окружение Рудольфа оказало сопротивление и сейм был распущен. 1 мая 1609 г. сословия вновь собрались в Новоместской ратуше Праги и под их давлением 9 июля 1609 г. император согласился подписать «Грамоту величества», гарантирующую свободу вероисповедания протестантам.
Однако Рудольф почти сразу стал нарушать условия грамоты, а для подавления сопротивления ввел в Прагу отряды наемников. Этим воспользовался эрцгерцог Матвей, который обещаниями добился поддержки моравских сословий и с их помощью в марте 1611 г. занял Прагу. После этого Рудольф был вынужден отречься от чешского престола в пользу Матвея.
Матвей же, получив желаемое, вовсе не собирался выполнять свои обещания и вскоре его контрреформационная политика стала вызывать недовольство в Чехии. Кроме того, в 1617 г. он объявил наследником чешского трона Фердинанда Габсбурга, известного своей фанатичной преданностью католицизму.
В марте 1618 г. в Праге собрался съезд протестантов, однако Габсбурги не приняли его всерьез и решили, что угрозами наказания смогут добиться