Повзрослевший король Людвик Ягеллон в 1523 г. решил оказать поддержку городам, чтобы обуздать феодалов, однако вскоре был вынужден покинуть Чехию и ситуация вновь обострилась, чему во многом способствовало широкое распространение в стране идей немецкой Реформации.
Правление Габсбургов
В 1526 г. Людвик погиб в сражении с войсками турецкого султана, и власть в Чехии перешла к представителю династии Габсбургов, австрийскому эрцгерцогу Фердинанду (1526–1564).
Вступив на чешский престол, Фердинанд первым делом решил ограничить самостоятельность городов. Он упразднил объединенный совет Старого и Нового Места и запретил общегородские собрания.
Фердинанд был ревностным католиком, в то время как большинство чехов были сторонниками реформированной после Гуситских войн церкви. Несмотря на это, в начальный период своего правления он спокойно относился к свободе вероисповедания, однако уже в 1530-х гг. стал резко выступать против гуситских церковных реформ и препятствовал распространению идей Реформации. В стране назревало недовольство действиями короля, которое вылилось в открытый конфликт после того, как Фердинанд выступил на стороне католиков в войне против протестантов в Германии.
Когда Фердинанд попытался собрать в Чехии ополчение для похода на протестантов, все чешские сословия открыто выступили против него. В 1547 г. в Праге на земский сейм собралось несколько сотен противников короля со всей страны, в числе которых были представители феодалов и горожане. Участники сейма составили программу, в которой выдвигались требования регулярного созыва сейма, восстановления общегородских собраний в Праге и других городах, исключительное право на чеканку чешской монеты.
На этом сейме был избран временный комитет, в состав которого входили помимо аристократов и рыцарей четыре пражских городских советника – коншела. Этот комитет отдал приказ о формировании ополчения для противостояния королю. Однако Фердинанд не пошел на открытое столкновение, так как у него не было достаточно большого войска, а решил использовать давние противоречия между городами и феодалами. Обещаниями уступок он привлек на свою сторону землевладельцев, в июле 1547 г. двинул объединенные войска на Прагу и захватил ее.
Король после победы лишил Прагу и другие королевские города всех свобод и привилегий, распустил ремесленные цехи и обязал выплачивать огромные штрафы. Кроме того, он восстановил в правах католическую церковь и привлек в страну большое количество иезуитов, призванных искоренить Реформацию. Позже король пошел на уступки, однако Прага так и осталась в подчиненном положении. Во главе городского управления он поставил чиновников, назначенных из среды дворян. В Новом и Старом Мясте для управления были назначены королевские гетманы.
Несмотря на достаточно жесткую политику Фердинанда I, для Праги время его правления, а также