С 969 г., когда Эрец Исраэль была завоевана Фатимидским халифатом, центр которого находился в Египте, гаонам Эрец Исраэль стал присваиваться и арабский титул «раис аль-яхуд», т. е. «глава евреев», дававший им широкие административные полномочия в отношении всех евреев Фатимидского халифата. На рубеже IX–X вв. Страной Израиля на протяжении нескольких десятков лет правили еврейские эмиры (Менаше и его сын Одайя), подчинявшиеся шиитским фатимидским халифам, не доверявшим мусульманам-суннитам и предпочитавшим опираться на евреев. Правление еврейских эмиров, резиденцией которых был город Рамла, в целом улучшило положение еврейского населения Эрец Исраэль. Однако пограничное положение страны, подвергавшейся постоянным набегам с севера и востока и служившей буферной зоной для Фатимидского халифата, вело к резкому сокращению численности населения Эрец Исраэль в целом и ее еврейского населения в частности.
Последней точкой в многовековой борьбе еврейского населения Эрец Исраэль против иноземных поработителей стал 1100 г. В этом году одному из вождей западноевропейских крестоносцев, Танкреду, удалось после продолжительной осады при поддержке венецианского флота взять резиденцию гаонов Эрец Исраэль, Хайфу. Гаон Эвьятар бен Элиягу бежал в ливанский город Триполи, где и умер в 1109 г. За год до падения Хайфы крестоносцы захватили Иерусалим, истребив все еврейское население города. Уцелели лишь немногие, сумевшие бежать в городскую цитадель «Башня Давида». Позднее им было позволено уйти в Ашкелон, остававшийся под властью фатимидских халифов.
От периода правления гаонов Эрец Исраэль сохранились многочисленные археологические памятники, среди них развалины синагог, построенных в V–XI вв., а также древнейшая из ныне действующих синагог Иерусалима – караимская синагога Анана бен Давида.
На протяжении продолжавшегося более 500 лет периода правления гаонов произошли резкие перемены в этноязыковой ситуации в Эрец Исраэль:
1. В результате массового истребления населения завоевателями, усиленной эмиграции за рубеж из-за религиозных гонений и непрерывных войн и насильственных обращений сначала в христианство, а после арабского завоевания – в ислам евреи стали меньшинством (хотя и значительным меньшинством) в своей стране. Лишь в отдельных районах Эрец Исраэль (прежде всего в Восточной Галилее и Центральной Самарии) евреи оставались большинством и к концу этого периода.
2. К концу этого периода по сравнению с его началом общая численность населения Эрец Исраэль (как еврейского, так и нееврейского) сократилась в десятки раз.
3. Уже в начале этого периода иврит был окончательно вытеснен арамейским языком из повседневного общения евреев Эрец Исраэль, сохранив лишь функции языка письменности. К концу этого периода арамейский язык, как и греческий, вытесняется арабским языком, который, как и иврит и арамейский, принадлежит