Все остальные монашеские ордена приобрели независимый статус только на IV Латеранском (1215) и II Лионском соборах. На них были сформулированы основные положения, касающиеся деятельности этих организаций. Они были напрямую подчинены папе римскому, и все подразделения этих организаций были освобождены от власти епископов. В то время как орден госпитальеров получил такой статус значительно раньше других – в 1113 г.
В первые годы своего существования молодой Орден, подобно большинству орденов Западной Церкви, был составной частью строгой церковной иерархии. И хотя по своей правовой природе Орден был религиозной корпорацией, он отличался от других орденов, поскольку располагался не в христианской стране, а за ее пределами, находясь на территории господства мусульманских правителей. Но к этому времени Орден перерос рамки исключительно религиозного объединения. Вооруженная защита Церкви от неверных ставила перед ним военные и политические задачи, что обусловило его превращение в духовно-рыцарский Орден, и было документально оформлено в Генеральном уставе Великого магистра Хуго де Ревеля в 1272 г.
В течение всего XII в. Орден играл одну из главных ролей в вооруженной защите христианских государств в Палестине. Долгое время рыцари-госпитальеры защищали Иерусалим от вторжения войск мусульман, но в 1187 г. Орден был изгнан из города султаном Египта и Сирии Саладдином. Приорат Ордена перебрался в Аккру, где была сделана первая попытка создания орденского государства. Однако в 1291 г., несмотря на всю доблесть рыцарей Красного креста (тамплиеров) и рыцарей Белого креста (госпитальеров), сражавшихся бок о бок, Аккра была потеряна перед лицом подавляющего численного превосходства мусульманских войск, а с нею и вся Святая земля[80].
Великий магистр Жан де Вилье и его рыцари прорубили себе дорогу на орденскую галеру. Разбитые и раненые рыцари высадились на Кипре, где Орден имел свои замки и поместья.
История Мальтийского ордена полна страниц благополучия и драматизма, у него были периоды возвышения и времена смут и даже безвластия.
На Кипре Орден стал