Проте старшина не збиралася так просто здатися московитам, хоча вести боротьбу їм залишалося вже недовго. Через кілька днів після ради в Германівці війська Дорошенка були розбиті козаками прихильного до Росії Я. Сомка під містечком Хмільник на Брацлавщині – тобто уже на Правобережжі. Дмитро Дорошенко вважає, що на той момент його знаменитий предок усе ще був людиною Виговського. Але Сомко позбавив його чину прилуцького полковника, лівий берег був уже в руках Сомка і росіян, і Петрові Дорофійовичу не залишалося нічого іншого, як остаточно і відкрито перейти на бік Юрія Хмельницького[10]. Останній також мав невеликий вибір. Потрібно було здаватися Москві.
1 жовтня 1659 року до Переяслава, де на той час перебував зі своїми військами Трубецькой, прибула козацька делегація від новообраного гетьмана Хмельницького. На чолі делегації був Дорошенко. Князь отримав на руки від колишнього прилуцького полковника проект нових «статей» між козаками і царем. Проект передбачав присутність московського воєводи лише в Києві (між іншим, порядкування тут владного і жорстокого Шереметєва було постійним головним болем для Виговського), підпорядкування київського митрополита безпосередньо константинопольському патріарху, право гетьмана самостійно чинити в питаннях зовнішньої політики тощо. Звичайно, що Трубецькой, відчуваючи в той час свою силу, проект відхилив. Натомість було запропоновано зібратися на раду в Переяславі. Тут вона і відбулася 17 жовтня. У місті та на його околицях було сконцентровано близько 40 тисяч солдатів російської армії. На раду прибули здебільшого козаки з лівого берега Дніпра. Само собою, Юрію Хмельницькому та його соратникам довелося підписати зовсім інші статті, запропоновані Москвою. Під Переяславськими угодами підписався як «колишній полковник прилуцький» і Петро Дорошенко.
Переяславські статті 1659 року істотно відрізнялися від Березневих 1654-го. У гірший для справи української незалежності бік. Згідно з цими статтями, старшина без дозволу царя не мала права переобирати гетьмана, у свою чергу, і гетьман утрачав право самостійно призначати, звільняти чи карати на смерть старшину і полковників. Окрім Києва, московське військо розміщалося в Переяславі, Ніжині, Чернігові, Брацлаві та Умані. Київський митрополит перепідпорядковувався Московському патріарху (пізніше цей пункт було скасовано). Українському уряду заборонялось підтримувати дипломатичні відносини з іншими державами й організовувати військові походи без дозволу Москви.
Уже в грудні 1659 року козаки