Тем временем против биогеохимии появились разгромные статьи. В вышедшей в 1934 г. Малой Советской энциклопедии о Вернадском писалось: «По своему мировоззрению – сторонник идеалистической философии. В научных трудах проводит идеи “нейтрализма” науки, выступает в защиту религии, мистики, исконности жизни и “живой материи” и ряда виталистических и антиматериалистических концепций, отрицая материалистическую диалектику». Многие, видя Вернадского на свободе, недоумевали: как он уцелел в годы репрессий? Однако все дело в том, что ученый обладал колоссальным практическим и теоретическим опытом в геологии (в том числе радиогеологии), а недра – это валюта и оборона. Вот почему даже в те трагические времена у ученого находились заступники. Гонения Вернадский воспринимал как «насилие над человеческой личностью», «исключительный моральный и умственный гнет». Он пытался, насколько это было возможно, материально и морально помогать ссыльным коллегам, проявлял большую личную смелость, протестуя и ходатайствуя за них перед власть имущими.
Вернадский часто выезжал за границу – в Германию, Чехословакию, Францию, Англию и другие страны, – читал лекции и работал в научных центрах. Везде он встречал уважительный прием. Учение о биосфере мало кто понимал в полном объеме, но все чувствовали его перспективность. Начиная с 1930 г. выезды за границу требовали преодоления все больших препятствий, однако отказать ученому с мировым именем было невозможно. И наверное, этот «кочевой» образ жизни помог ему уцелеть. Последний раз он выехал за границу в 1936 г. на лечение. Это время Вернадский использовал для работы над книгой «Научная мысль как планетное явление» (издана только в 1977 г.), в которой, приняв идеи Э. Лepya, вплотную подошел к созданию учения о ноосфере как логическом продолжении генетической минералогии, биогеохимии, радиогеологии, учения о биосфере. Он считал, что биосфера под влиянием научных достижений и деятельности человека постепенно переходит в новое состояние – сферу разума, или ноосферу. Последним исследованием ученого стала работа «Несколько слов о ноосфере» (1944 г.).
Надежды на крах большевиков постепенно угасали, академия подверглась чистке и советизации. Шаг за шагом «старая русская культура» замещалась «новым варварством». Однако Вернадский и не пытался уехать за рубеж, хотя его приглашали сын (профессор кафедры истории Йельского университета) и дочь (врач-психиатр, вышедшая замуж за археолога Н. П. Толля), обосновавшиеся в США. Он продолжал научную работу, которая, согласно его взглядам, одна могла спасти Россию. Исследования ученого охватывали все более широкий круг проблем естествознания: история природных вод и значение тяжелой воды, роль живых организмов в геохимических процессах, синтез алюмосиликатов, геологическое время.
В 1934 г. Вернадские, в связи с переездом Академии наук из Ленинграда в Москву, поселились в столице. В июне 1940 г. Владимир Иванович