Владимир Иванович занялся формированием академической библиотеки (ныне – Центральная научная библиотека им. В. Вернадского НАН Украины), пытаясь в начавшемся хаосе калейдоскопической смены властей спасти ценные коллекции книг и рукописей. В конце августа 1919 г. Киев заняли войска генерала Деникина, который и слышать ничего не хотел о чем-то украинском, и академия была закрыта. Когда же к городу подошла Красная Армия, Вернадский уехал в Ростов, а затем перебрался в Крым. Он был приглашен на должность профессора минералогии Таврического университета в Симферополе, где читал курс геохимии, а в сентябре 1920 г. стал его ректором. Вернадский встречался с П. Врангелем и просил его о содействии университету. Несмотря на скудость средств, ученый пытался наладить минералогические и геохимические исследования. Однако, видя тщетность своих попыток, собрался эмигрировать в Великобританию, но остался по настойчивой просьбе преподавателей. И все-таки Вернадский, скорее всего, уехал бы в Лондон, если бы не слег с сыпным тифом, который едва не стоил ему жизни. Интересна дневниковая запись, сделанная Владимиром Ивановичем в это время. В ней ученый рассказывает об удивительном состоянии, пережитом им в полубреду, когда он «почувствовал в себе демона Сократа», преисполнился сознанием поистине эпохального значения своего учения и, более того, перед ним, как кадры фильма, прошли его возможное будущее и главное дело жизни – организация Института живого вещества. Ему даже было дано знание предельного срока земного бытия.
После прихода большевиков в Крым в январе 1921 г. Вернадский был уволен из университета и чуть не стал жертвой красного террора. И лишь благодаря его ученику Н. Семашко, ставшему наркомом здравоохранения, Вернадского вместе с семьей Ольденбурга в отдельном вагоне, прицепленном к санитарному поезду, отправили в Петроград. Но избежать беды