Проте кар'єру Івана Мазепи в Чигирині обірвав Його Величність Випадок. У березні 1674 року Мазепа, уповноважений Дорошенком, вів переговори з російськими представниками та лівобережною старшиною про можливе об'єднання України і зречення Дорошенка. У червні того ж року Іван Степанович очолив загін татар та козаків Дорошенка, які мали відвезти до Криму листи та п'ятнадцять полонених українців з Лівобережжя у дарунок ханові. Такою була жорстока політична реальність тих часів – український гетьман платив кримському ханові за допомогу українськими ж рабами. Проте ні полоненим, ні Мазепі не судилося дістатися Криму. Десь поблизу річки Інгул 11 червня загін потрапив у засідку, влаштовану запорожцями – тогочасний кошовий отаман, славнозвісний Іван Сірко, виступав проти українсько-турецького союзу, завдаючи дошкульних ударів по Кримському ханству і руйнуючи плани Дорошенка. Розлютовані запорожці, схоже, не церемонилися з татарами та людьми Дорошенка, але Мазепу залишили живим – за легендою, переказаною літописцем Самійлом Величком, Івана Степановича врятував особисто Сірко, нібито зауваживши, що ця людина ще знадобиться Україні. Таке «пророцтво» здається дуже схожим на пізнішу легенду, але фактом є те, що Сірко не хотів віддавати Мазепу (таланти якого, вочевидь, оцінив) гетьманові Самойловичу. Той, дізнавшись, що генеральний осавул Дорошенка потрапив у полон до запорожців, вимагав його видачі. Лише дипломатичний тиск Москви, з якою Січ у цей момент не бажала псувати відносини, допоміг Сіркові відправити свого бранця до Батурина – столиці лівобережних гетьманів. Сталося це в липні 1674 року.
Так Іван Мазепа був змушений втретє починати свою кар'єру майже з нуля. Проте чому з нуля? Адже він чудово вмів привертати до себе надзвичайно різних людей. Опинившись у новій, спочатку навіть загрозливій обстановці, Мазепа зумів швидко зорієнтуватися. Йому вдалося здобути довіру Самойловича, взагалі не дуже схильного комусь довіряти (так, він підозрював власного сина Григорія у намірах відібрати в нього гетьманську булаву). Але Мазепу (його дружина Ганна була далекою родичкою гетьманової племінниці Марії Самойлович через Горленків) Самойлович невдовзі робить «гетьманським дворянином». Літопис Величка так змальовує службу Мазепи у Самойловича: «А в Самойловича… усе виконував вірно, охоче і справно, як людина розумна і вдатна в усіляких ділах, і, отак служачи, скоро дослужився його ласки й пошани, тож спершу став гетьманським дворянином, а потім був учинений від Самойловича генеральним військовим осавулом». Зауважимо, що літописець Величко – людина, наближена до родини Кочубеїв, – у цілому негативно ставиться до постаті гетьмана Мазепи, але й він віддає належне «розтропності й цікавості» Івана Степановича.
Як наближена до гетьмана людина, Мазепа був у курсі всієї