21 января 1861 года, согласно ходатайству митрополита Филарета, Святейший Синод назначил архимандрита Савву ректором Московской духовной академии. Получив новое назначение, особенно его пугало чтение лекций по догматическому богословию, так как он считал себя не подготовленным к этому предмету. Обладая ровным, благодушным, но в то же время твердым характером, он вскоре овладел благорасположением к себе корпорации профессоров и студентов. Но недолго пришлось архимандриту Савве пребывать в стенах духовной академии, так как вскоре ему был приготовлен путь архиерейского служения. «Не долго Вы с нами жили, – писал отцу Савве А.В. Горский, узнав о новом его назначении, – но влияние Вашей деятельности отозвалось благотворно в жизни академической. Этого не забудет академия».
4 ноября 1862 года архимандрит Савва был хиротонисан во епископа Можайского, второго викария Московской епархии. Хиротонию совершал митрополит Филарет в Успенском соборе Московского Кремля в сослужении архиепископа Евгения (Казанцева) и епископов Леонида (Краснопевкова) и Никанора Фиваидского (впоследствии патриарха Александрийского).
«Слезы струились из глаз первосвятителя, – писал преосвященный Леонид, участвовавший в этой хиротонии, – когда у престола, над главой коленопреклоненного поставляемого, читал он тайные молитвы, а Евангелие и руки архиереев возлежали на ней. Да, дивны пути Промысла Божия в судьбе преосвященного Саввы. Сирота прежде рождения достигает и высшего образования, и почестей высшего звания в Церкви. На 32-м году жизни отец Савва только что окончил курс академический, а 43-х лет он – архиерей. При самом выходе из академии сходит с дороги училищной службы и делается впоследствии ректором академии; действует с такой прямотой, что, по-видимому, разрушает свое внешнее благополучие, и, однако же, прежде многих старейших призван к высшему служению Церкви».
Несмотря на новое высокое положение, он сохранил прежние отношения со своими товарищами и всегда говорил, что «в дружбе чины забываются».
В ведении епископа Саввы находились церкви и монастыри, входившие в круг ведомства Можайского духовного правления. Много поручений он выполнял и своего архипастыря – любимого им митрополита Филарета (Дроздова): обозревал духовные заведения, следил за исполнением дел в консистории. Работа под руководством многоопытного и мудрого святителя оказала огромное влияние на дальнейшую службу владыки Саввы. Он приобрел богатый духовный опыт, воспитал в себе чувство меры к человеческим слабостям и усвоил все