1 октября 1848 года, в день Покрова Пресвятой Богородицы, молодой студент-священник Иоанн Тихомиров, согласно прошению, был пострижен в монашество с именем Савва, во имя преподобного Саввы Вишерского, чья память отмечалась также в этот день. Постриг совершил ректор академии архимандрит Алексий (Ржаницын), восприемником при пострижении был инспектор академии иеромонах Сергий (Ляпидевский). Митрополит Филарет (Дроздов) прислал новопостриженному иеромонаху параман и рясу.
«Древняя мимоидоша, – писал иеромонах Савва в своем дневнике, – се быша вся нова: новое имя, новая одежда, новые правила жизни; о, если бы Господь обновил и дух правый во утробе моей! С благоговейным трепетом усматриваю я особенное призвание Божие к иноческой жизни во всех прежних обстоятельствах своей жизни. Смотрите, в самом деле, как постоянно и вместе с тем очевидно Господь отрешал меня от мира и призывал на служение Себе; взял у меня родителя прежде, нежели я увидел свет, лишил матери в то время, когда я еще имел крайнюю нужду в попечении, определил испытать мне горький жребий сиротства, с той, конечно, благой целью, чтобы заблаговременно ознакомить меня с тесным путем креста. Но вот, после долгого томления в сиротстве, краткое время дает мне вкусить некоторую сладость жизни в семейном благополучии, но и здесь скоро начинаются опять прежние лишения: умирает сын, который при своей жизни естественно привязал бы меня к миру; наконец лишился того, что привязывало меня к миру, – жены; все это не ясные ли, постепенно, более и более, возвышающиеся гласы божественного воззвания меня от бурного моря к тихому пристанищу монашеского жития? Да будет же благословенна воля Божия, избравшая и посвятившая меня на служение Себе, можно сказать, из чрева матери!»
В 1850 году иеромонах Савва окончил академию со степенью магистра богословия и был назначен митрополитом Филаретом (Дроздовым) Синодальным ризничим. Теперь иеромонах Савва большую часть времени посвящает церковной археологии. Он занимается описанием более примечательных предметов ризницы и библиотеки, и в 1855 году явился составленный им «Указатель для обозрения Московской Синодальной (патриаршей) ризницы». Этот труд принадлежал к числу замечательных явлений ученой литературы по церковной археологии и палеографии и удостоен был Демидовской премии. Служение в должности ризничего позволило ему познакомиться со многими учеными, как русскими, так и иностранными. Среди них С.М. Соловьев, О.М. Бодянский, С.П. Шевырев, Ф.И. Буслаев. С этого времени началось близкое знакомство отца Саввы с отцом Леонидом (Краснопевковым), переросшее в искреннюю дружбу. В письмах отец Савва советовался с отцом Леонидом по самым разным вопросам, будь то обсуждение в обществе смерти великого русского писателя Н.В. Гоголя или сохранение монашеского звания в чистоте от окружающего мира. 1 октября 1852 года отец Леонид писал отцу Савве: «В послании Вашем спрашиваете моего мнения в прогулке на выставку. Скажу не обинуясь: