К середине 1941 г. общая численность армии и флота превышала 5 млн чел. и была в 2,8 раза больше, чем в 1939 г.
С учетом качественных изменений, произошедших в вооруженных силах, летом 1940 г. было принято решение о введении полного единоначалия в армии и на флоте. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-морском флоте» от 12 августа 1940 г. институт военных комиссаров был в очередной раз отменен. Должность комиссара снова была заменена должностью помощника командира по политической работе.
Великая Отечественная война внесла существенные коррективы в организацию жизнедеятельности политсостава армии и флота, системы подготовки кадров политработников. В рамках перестройки всей жизни страны и вооруженных сил на военный лад Президиум Верховного Совета СССР 16 июля 1941 г. издал указ «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-крестьянской Красной Армии». В указе отмечалось, что война расширила объем политической работы и потребовала, чтобы политработники не ограничивали свою работу пропагандой, а взяли на себя ответственность также и за военную работу на фронтах. Этим указом в полках, дивизиях, штабах, военно-учебных заведениях и учреждениях Красной Армии был введен институт военных комиссаров, а в ротах, батареях, эскадронах – институт политических руководителей. 20 июля 1941 г. данное решение было распространено на Военно-морской флот.
В августе 1941 г. должность военного комиссара была введена во всех батальонах и ротах танковых войск, в дивизионах и батареях артиллерийских частей, в сентябре – должность военкома штаба во всех дивизиях, а в начале декабря – должность военкома батальона стрелковых частей и соединений.
Главные управления политической пропаганды Красной Армии, а также Военно-морского флота были преобразованы в Главное политическое управление Рабоче-крестьянской Красной Армии (ГлавПУ РККА) и Главное политическое управление Рабоче-крестьянского Военно-морского флота (ГлавПУ РКВМФ). Управления и отделы политической пропаганды в войсках и на флотах были реорганизованы в политические управления и отделы.
Эти меры вызывались условиями фронтовой обстановки, возросшей ролью политработы, нехваткой опытных кадровых командиров. Только небольшая часть командиров, призванных из запаса, имела военное образование. В начальный период войны намного расширялся объем партийно-политической работы. Политработники не могли ограничиваться только пропагандой и агитацией, они должны были осуществлять и другие важные функции.
Следует подчеркнуть, что введение института военных комиссаров было временной, чрезвычайной мерой, оно не означало принципиального отказа от единоначалия как наиболее целесообразного принципа руководства и управления войсками и силами флота.