В ходе первой губернской реформы весь край в 1708 г. был объединен в одну Сибирскую губернию с центром в Тобольске. Сибирский приказ в 1710 г. упразднился, его функции переходили к сибирскому губернатору, воеводы сибирских уездов переименовывались в комендантов. Вторая губернская реформа 1719—1724 гг. внесла в сибирское управление более кардинальные перемены. Вводилось четырехстепенное административно-территориальное деление. Сибирская губерния была разделена на Тобольскую, Енисейскую и Иркутскую провинции во главе с вице-губернаторами. Провинции в свою очередь разделились на дистрикты во главе с земскими комиссарами. Однако уже в конце 1720-х гг. на большей территории Сибири вернулись к старой системе местного управления: уезды во главе с воеводами. C 1760-х гг. начинается новый виток реформирования управления г Сибири, еще более унифицировавший ее с Россией и коренным образом изменивший всю структуру власти сверху донизу. В 1763 г. окончательно упраздняется Сибирский приказ, и Сибирская губерния начинает управляться на общих основаниях с прочими российскими губерниями. Сибирские дела распределяются по центральным правительственным учреждениям – коллегиям, а с 1802 г. – министерствам. В 1796г. было проведено новое административное деление империи. Вся Сибирь была разделена на две губернии: Тобольскую и Иркутскую. В Тобольскую губернию вошли девять уездов: Тобольский, Тюменский, Туринский, Курганский, Ишимский, Ялуторовский, Тарский, Березовский, Сургутский. Целью всех преобразований был поиск оптимальной системы управления, более жесткая централизация и субординация, стремление к законности и правопорядку. Осуществляя реформы, правительство неизменно рассматривало Сибирь как неотъемлемую составную часть Российской империи.
По отношению к коренным народам севера администрация была весьма внимательна и заинтересована в их развитии. Это подтверждается частыми соответствующими рекомендациями местным воеводам. Вот наставление из архивного документа, адресованное в сибирские земли: «Ясак и пошлины с ясашных людей брать, смотря по людям и по промыслам… давать в ясаке сроки насколько пригоже… выбирать с ясашных людей мягкую рухлядь (меха) ласкою, а не жесточью и правежем…, чтоб тем ясашных людей от государева жалованья не отогнать и тем бы их не оскорбить».456 Ее целью было «замирение» северных народов: превращение их в исправных плательщиков дани, (ясака); даже за нередкими бунтами обычно не следовало чрезмерно жестких карательных санкций.
Отказавшись от методов силового принуждения и окончательно перейдя к методам административно-бюрократического контроля, государство нарабатывает новые приемы и формы взаимоотношений с коренным населением