В 1555 году в Казани была учреждена кафедра архиепископа и началось обращение местных жителей в христианство. Русский историк С. М. Соловьев так описывал отправление вновь назначенного архиепископа из Москвы в Казань: – «Это отправление было необычное, первое в русской истории: архиепископ ехал в завоеванное, неверное царство распространять там христианство… Этот духовный поход… соответствовал отправлению греческого духовенства из Византии и Корсуня для просвещения Руси христианством при Владимире; он был завершением покорения Казани».
Для обращения казанских татар в христианство архиепископ получил от митрополита Макария подробный наказ. В Казани рядом с ханским дворцом было начато строительство христианского собора – «громадное столичных пропорций здание, затеянное великой державой после победы», «демонстративная эмблема московского могущества». Началась раздача земель хана, казанских князей и помещиков русским людям. (Там же. С. 31).
Как писал русский историк, «громадная убыль людей и неисчислимый материальный урон нанесли страшный удар казанским татарам. Погибли почти все культурные сокровища, накопленные прежними поколениями, беженцам из многолюдной прежде столицы, оставшимся в живых, пришлось доживать свои дни в глухих лесных деревушках, думая не о культурных приобретениях, а лишь о суровой борьбе за пропитание… Страшное понижение культурного уровня, экономический регресс, сопровождавшийся переходом к примитивным формам хозяйства и сокращением всех потребностей, упадок промышленности и торговли, обеднение населения, отвычка от активного участия в строительстве государственной и общественной жизни – вот те последствия, которые принесло Казанским татарам русское завоевание». (Подробно см.: Худяков М. Очерки по истории Казанского ханства.// На стыке континентов и цивилизаций. Из опыта образования и распада империй 10—16 вв. М., 1996. С. 543—548).
В середине XVI века поднимается инспирированная Москвой новая волна христианизации мусульман, которая в дальнейшем поддерживалась государством. Принятая в 1593 году специальная Грамота запрещала татарам, живущим в деревнях совместно с русскими, «иметь мечети… для того чтобы не было соблазна христианам и крещеным». Эта Грамота служила основанием для местных властителей сносить мечети. Сверху инициировалась и христианизация российских мусульман, ведущая к их русификации.
В 1713 году