Следующие три года Клаузевиц возглавлял штаб Августа фон Гнейзенау – командира VIII корпуса в Кобленце. После окончания бесконечных войн неожиданно выяснилось, что все эти реформаторы и либералы не очень приходятся ко двору: по всей Европе в целом и в Пруссии в частности начался период некоторой реакции. Конечно, никаких репрессий против них не было, просто постепенно «реформаторов» стали смещать с командных постов, отправляя их прежде всего в военно-учебные заведения. В 1818 г. Клаузевиц был приглашен занять пост директора Общей военной школы (Allgemeinen Kriegsschule) в Берлине – ведущего военно-научного учреждения Пруссии и единственного готовящего кадры для службы Генерального штаба. Однако оказалось, что ему предлагают взять на себя исключительно административные функции, а читать лекции и преподавать ему не разрешалось. Это, конечно же, совсем не удовлетворяло Клаузевица, который в сентябре 1818 г. получил звание генерал-майора, став самым молодым генералом в прусской армии. Но он все же продолжал оставаться на своем посту, а в 1821 г. он был официально причислен к Генштабу.
В 1823–1824 гг. он выпустил «Сообщение о самой крупной катастрофе в истории Пруссии» (Nachrichten über Preußen in seiner größten Katastrophe), посвященной событиям кампании 1806 г. Именно в это время он начал работать над своим главным произведением – «О войне» (Vom Kriege), хотя административные обязанности и отнимали у него огромное количество времени. Лишь в 1830 г. Клаузевиц оставил свой пост и был направлен в артиллерийскую инспекцию в Бреслау (Вроцлав).
Уже в июле того же года по всей Польше запылал пожар восстания, подавлять которое прусское командование направило обсервационный корпус под началом графа Гнейзенау, ставшего к тому времени генерал-фельдмаршалом. По старой памяти он пригласил к себе начальником штаба Клаузевица. Пруссаки двинулись в польские земли с запада, с востока в царство Польское вошли русские полки. Но оказалось, что вместе с русскими войсками в Польшу пришла и страшная эпидемия холеры. Жертвы исчислялись тысячами, а болезнь стремительно распространялась по всей Европе. Сначала болезнь настигла 70-летнего фельдмаршала – граф Август Нейдгардт фон Гнейзенау скончался в Позене 24 августа 1831 г. После его смерти Клаузевиц, как начальник штаба, принял на себя командование обсервационным