Это назначение дало Клаузевицу доступ к прусскому двору и ввело его в высшее общество, где он, кстати, в декабре 1803 г. познакомился со своей будущей супругой Марией, дочерью саксонского генерала Карла Адольфа фон Брюля. В эти же годы появилась и первая официальная публикация Карла фон Клаузевица – это была статья с резкой критикой теории Дитриха фон Бюлова (его работы также помещены в этом сборнике).
В кампанию 1806 г., которая еще называлась Войной Четвертой антифранцузской коалиции, Клаузевиц выступил в поход все в той же должности адъютанта принца Августа, который в звании подполковника командовал гренадерским батальоном; сам Клаузевиц к тому времени носил звание штабс-капитана. Эта кампания оказалась неудачной и для всей прусской армии в целом, и для будущего военного теоретика в частности: 14 октября 1806 г. в ходе сражения при Ауерштэдте прусская армия потерпела сокрушительное поражение, а принц Август вместе со своим адъютантом оказались во французском плену. В плену у Клаузевица было достаточно времени, чтобы проанализировать действия как прусской, так и французской армий и попытаться определить причины столь серьезного и быстрого поражения. Результатом этих его размышлений стали «Исторические письма о крупных военных событиях в октябре 1806 г.» (Historischen Briefen über die großen Kriegsereignisse im October 1806). В октябре 1807 г. принц Август, а также его адъютант были освобождены и вернулись на родину Сам Шарнхорст еще во время учебы Клаузевица в военной школе обратил на него свое внимание и в 1809 г. пригласил перспективного и думающего офицера в свой личный штаб. Работая с Шарнхорстом, Клаузевиц принял самое живейшее участие в разработке и проведении широкомасштабных реформ по реорганизации прусской армии. В 1810 г. он был произведен в майоры и получил новую, еще более важную должность начальника личного бюро Шарнхорста. Одновременно Клаузевиц стал читать курс лекций по тактике и службе Генерального штаба, причем среди его воспитанников оказался и сам прусский кронпринц, позже ставший германским императором Вильгельмом I.
Наступил 1812 г., дело явно шло к тому, что Франция начнет войну против Российской империи, причем Пруссия будет вынуждена вступить союзницей Наполеона. Будучи верным последователем Шарнхорста, прусским патриотом и убежденным противником французов, Клаузевиц самовольно оставил место службы и отправился на восток, где был принят на русскую службу. Сначала он был определен в штаб генерала Карла Пфуля. Довольно скоро разработанный Пфулем план кампании был отвергнут, его штаб расформирован, а Клаузевиц направлен в состав действующей армии. Сначала он был зачислен в отряд графа Петра Петровича фон дер Палена, прикрывавшего отход 1-й Западной армии.